清代的地方官制由明代發展而來，但布政司改為省。北直隸改為直隸省，南直隸改為江南省，以後又分為江蘇與安徽省。康熙時全國共18省，清末為23省，每個省仍設布政使主民政（江蘇省因糧、錢事繁，從乾隆以後設兩個布政使，一駐江寧，一駐蘇州，這在全國是一個例外），按察使主刑獄，另有由中央派出翰林官擔任的提督學政管理全省的學校與科舉，成為省內與明代“三司”有所不同的三巨頭，一般都簡稱為藩臺、臬臺和學臺，也並稱“三司”。布政使還別稱“藩司”、“方伯”， 按察使還別稱“臬司”、“廉訪”。此外，沿明代之制，在產鹽之省又設鹽運司主鹽政。除了“學臺”之外，這些都是總督或巡撫的屬官。

清代的總督、巡撫與明代不同，不再是因事而設的臨時性質，而逐漸成為固定的職務，成為代表中央節制“三司”的“封疆大員”。總督和巡撫是清朝管理地方的兩個要職，總督與巡撫都是地方大員、封疆大吏，但總督是正二品（加兵部尚書銜後為從一品）、巡撫是從二品，總督的管理範圍、權利也要比巡撫大一點，可清朝卻經常出現巡撫不聽總督命令、不把總督放在眼裡的情況，這究竟是怎麼回事呢？

總督是管轄兩、三省的行政、軍事最高長官，相當於區域最高行政長官兼軍區司令，總督轄區大小不一，少者一省，如四川總督，多者三省，如兩江和陝甘總督（這是指康照以後的情況，清初有總督五省的，如洪承疇）。清朝中夜設立了八個總督，分別是直隸 、陝甘、閩浙、兩湖（即湖廣）、兩廣、四川、雲貴等，由於總督屬於中央派遣性質，所以通常會加尚書銜，而且總督都是由文臣擔任，目前是利用文臣制約地方武將。

巡撫則是管轄一省的最高行政長官，擁有本身的最高行政權力，居於三司之上，相當於如今的省長，從二品，但是通常會加侍郎銜，變成正二品，但是絕大部分巡撫管轄的省份也屬於總督的管轄之內，而且巡撫的官銜也低於總督，所以名義上巡撫的等級是要低於總督的，但是也有兩個例外，一個是河南巡撫，另一個是直隸總督，河南省很特殊，因為清朝的八個總督所管轄的範圍都沒有覆蓋到河南省，所以河南巡撫又被成為天下第一巡撫，而直隸總督的管轄範圍覆蓋京畿，所以直隸總督在八大總督中排名第一。

雖然名義上總督的官職權利要比巡撫大，但是在清朝法律中，總督與巡撫並沒有規定明確的隸屬關係，總督與巡撫向中央奏報往往是雙方聯名上報，但是一旦出現總督與巡撫意見不同時，往往巡撫不聽總督的，總督管轄不了巡撫，那就會出現這樣一種尷尬情況，巡撫與總督愛恨交錯。

例如在晚清時期，湖廣總督張之洞欽定了張三做某地知縣，但是本省的巡撫卻不同意，指定王三做此地知縣，這就讓負責官員任命的布政使十分為難，兩位都是最高長官，得罪誰也不行，於是上演了一場十分滑稽的鬧劇，那就是布政使任命張三與王三同時做知縣。

乾隆以後凡駐有總督的省不再設巡撫，而由總督兼任（只有江蘇一省例外，是督撫並駐），而其餘省份則設巡撫。例如，四川在順治十八年設立四川總督（此前是陝甘與四川只有一個總督）之後，就只有總督而無巡撫，至今成都的街道只有督院街，而無撫院街，就是這個原因。

總督相當於現在的中央政治局委員兼省（直轄市）委書記、大軍區政委，是副國級官員，巡撫相當現在的省委書記兼省軍區政委，是正部級官員，而提督則相當於司令員，總兵相當於軍長。