這“DNA顯微鏡”是個啥？我跑去看了看Cell的原文，瞭解了一個大概，給大家說說看。
先看結果：真是個“顯微鏡”
看下面這組對比圖，你會以為是什麼？兩張熒光顯微鏡照片，其中一張拍糊了？【請見圖二】
其實，“拍糊了”的這張就是由DNA顯微鏡拍出來的。而在DNA顯微鏡的“拍攝”過程中，其實根本不存在一個傳統意義上的顯微鏡，一組培養皿中的分子生物學反應，一組測序，再將測序結果放到一個演算法中進行分析，就得到了這張影象。
再看基本原理：咋拍的？
基本原理是這樣的，把細胞固定、穿透之後，加入一組小的DNA探針，包含序列不同的a、b、c……等DNA小分子。
a、b、c進入細胞後，和與自身序列互補的轉錄本cDNA配對，配對之後a、b、c成為A、B、C，我們把相應cDNA所處的空間位置記為a*、b*、c*。
【請見圖三】
下面，進行第一步分子生物學反應，讓A、B、C擴增，擴增產生的更多A、B、C分子擴散到原始位置周邊一定範圍的空間內。如果A、B的初始結合位置離得比較近，就會有A、B分子相遇。
這時，再進行第二部分子生物學反應，讓相遇的A、B分子連在一起，形成A+B分子。
【請見圖四】
反應結束後進行測序。如果我們測到了A+B序列，就可以知道a*和b*的位置是相互接近的，更進一步，根據A+B序列的丰度，我們還可以計算出a*和b*之間的距離。
從一組複雜的{a*b*距離、a*c*距離、a*d*距離……}資料中，就可以根據不同分子之間的相對位置關係，利用演算法重構出影象了！這有點兒像小學數學題，如果你知道平面上三個點之間的距離分別是3、4、5，那麼這三個點就應該分別在一個直角三角形的頂點位置上。不過這裡面的演算法就麻煩的多罷了。
比如說，在這篇Cell文章裡，研究者把兩種細胞混合培養，這兩種細胞分別表達GFP（綠色熒光蛋白）和RFP（紅色熒光蛋白），而所有細胞都會表達一些共同的蛋白，比如ACTB和GAPDH。研究者把ACTB用作基準（a），用上述操作進行了“成像”，結果就得到類似下圖的結果。其中ACTB、GAPDH、GFP、RFP分別顯示為灰色、白色、綠色和紅色。效果還是可以的，紅色和綠色互斥，而灰色和白色到處都有。
在此基礎上，研究者還能讓演算法進行“細胞劃分”，從糊成一團的影象中劃分出一個一個的孤立細胞，就像下圖這樣：
【請見圖五】
瞭解了DNA顯微鏡的工作原理，下一個問題是：
光鏡不好嗎？新玩意兒有啥優勢？
核心優勢：測序、成像一鍋端，可以知道哪些DNA序列存在於哪些位置。
小優勢：不用做光學標記呀！一次可以測很多種cDNA的位置呀！小分子庫做得好的話，還能找到意想不到的cDNA的位置呀！
【請見圖六】
大概就是這樣了。蠻神奇的，完全用化學方法和演算法，不用光卻得到影象，就像是讓盲人看到了世界一樣（這比喻好像不咋貼切）。
這“DNA顯微鏡”是個啥？我跑去看了看Cell的原文，瞭解了一個大概，給大家說說看。
先看結果：真是個“顯微鏡”
看下面這組對比圖，你會以為是什麼？兩張熒光顯微鏡照片，其中一張拍糊了？【請見圖二】
其實，“拍糊了”的這張就是由DNA顯微鏡拍出來的。而在DNA顯微鏡的“拍攝”過程中，其實根本不存在一個傳統意義上的顯微鏡，一組培養皿中的分子生物學反應，一組測序，再將測序結果放到一個演算法中進行分析，就得到了這張影象。
再看基本原理：咋拍的？
基本原理是這樣的，把細胞固定、穿透之後，加入一組小的DNA探針，包含序列不同的a、b、c……等DNA小分子。
a、b、c進入細胞後，和與自身序列互補的轉錄本cDNA配對，配對之後a、b、c成為A、B、C，我們把相應cDNA所處的空間位置記為a*、b*、c*。
【請見圖三】
下面，進行第一步分子生物學反應，讓A、B、C擴增，擴增產生的更多A、B、C分子擴散到原始位置周邊一定範圍的空間內。如果A、B的初始結合位置離得比較近，就會有A、B分子相遇。
這時，再進行第二部分子生物學反應，讓相遇的A、B分子連在一起，形成A+B分子。
【請見圖四】
反應結束後進行測序。如果我們測到了A+B序列，就可以知道a*和b*的位置是相互接近的，更進一步，根據A+B序列的丰度，我們還可以計算出a*和b*之間的距離。
從一組複雜的{a*b*距離、a*c*距離、a*d*距離……}資料中，就可以根據不同分子之間的相對位置關係，利用演算法重構出影象了！這有點兒像小學數學題，如果你知道平面上三個點之間的距離分別是3、4、5，那麼這三個點就應該分別在一個直角三角形的頂點位置上。不過這裡面的演算法就麻煩的多罷了。
比如說，在這篇Cell文章裡，研究者把兩種細胞混合培養，這兩種細胞分別表達GFP（綠色熒光蛋白）和RFP（紅色熒光蛋白），而所有細胞都會表達一些共同的蛋白，比如ACTB和GAPDH。研究者把ACTB用作基準（a），用上述操作進行了“成像”，結果就得到類似下圖的結果。其中ACTB、GAPDH、GFP、RFP分別顯示為灰色、白色、綠色和紅色。效果還是可以的，紅色和綠色互斥，而灰色和白色到處都有。
在此基礎上，研究者還能讓演算法進行“細胞劃分”，從糊成一團的影象中劃分出一個一個的孤立細胞，就像下圖這樣：
【請見圖五】
瞭解了DNA顯微鏡的工作原理，下一個問題是：
光鏡不好嗎？新玩意兒有啥優勢？
核心優勢：測序、成像一鍋端，可以知道哪些DNA序列存在於哪些位置。
小優勢：不用做光學標記呀！一次可以測很多種cDNA的位置呀！小分子庫做得好的話，還能找到意想不到的cDNA的位置呀！
【請見圖六】
大概就是這樣了。蠻神奇的，完全用化學方法和演算法，不用光卻得到影象，就像是讓盲人看到了世界一樣（這比喻好像不咋貼切）。