這個問題要從宋神宗和宋哲宗兩朝的大背景說起，神宗時最知名的事件當屬王安石變法，章惇深得王安石的賞識，後來變法失敗，範純仁，司馬光等重入朝堂，章惇屢受彈劾出任地方。元豐八年出任參知政事也就是副宰相，元豐五年為門下侍郎，是副宰相之首。再來說宋哲宗為什麼用章惇為宰相，元豐八年也就是1085年宋神宗病重，有人企圖立神宗二弟或四弟為帝，在王珪和章惇的全力操持下，趙傭也就是9歲的宋哲宗才登上皇位。第二年章惇為樞密使。不論什麼時候擁戴之功，首倡之功，從龍之功都是多少人夢寐以求的，皇帝更會加以重用，何況章惇本就有才。

章惇出身官宦世家，祖父做到大理寺丞，冀國公，叔父做到宰相，父親封太保，太尉。章惇本人是王安石變法的支持者，同情者和一定程度的繼任者，在成為宰相之後一定程度恢復了新法的部分舉措：如恢復免疫法，青苗法等，對外用兵強硬，西夏兵敗稱臣等等。

而哲宗時期，新黨同舊黨的矛盾，高太后同皇帝矛盾，年幼皇帝同頑固大臣的矛盾，複雜的背景和政治鬥爭讓年紀雖輕卻想幹一番事業的宋哲宗頭疼不已，章惇無疑是其想大展伸手的最好幫手。

可惜宋哲宗年僅23歲英年早逝，而章惇也在五年後去世。

宋哲宗即位時，年僅九歲，因為年幼，由祖母太皇太后高氏垂簾聽政。高氏起用司馬光等，恢復舊法，史稱＂元祐更化＂。大臣們向來是向太后奏事，背朝趙煦，也不轉身向趙煦稟報。等到了趙煦十七歲時，高太后本應該還政，但她卻仍然把握朝政，不肯放權。於是宋哲宗漸漸地對於司馬光與高太后的執政與壓制感到不滿。

高太后和守舊的大臣希望他學習宋仁宗，但是正是由於他們的壓制，俗話說壓制的越大，反彈的也就越大，致使宋哲宗更希望效仿宋神宗的銳利進取。趙煦常使用一箇舊桌子，高太后令人換掉，但趙煦又派人搬了回來。高太后問為何，趙煦答：“是父皇（神宗）用過的。從這件事情上就可以看出。

宋哲宗親政後，為打擊元佑大臣，進行改革任用神宗時期就是變法重要的人物章惇也是必然之舉，另外章惇也有擁立之功。

宋神宗駕崩後，其生母高太后立神宗第六子，自己的孫子趙煦為帝，即宋哲宗，時年僅為10歲。

其後9年多，宋朝最高權力機構中實際掌權的是高太后。高太后一直憎惡王安石的“新法”，她召司馬光入朝，廢除新法，史稱“元祐更化”。由於王安石新黨的黨羽蔡確以詩文影射高太后為“武則天”，高太后大怒，大規模興起獄案清除新黨人士，朝中洛黨、朔黨和蜀黨心照不宣趁機互相落井下石，黨同伐異，宋朝黨爭在此時達到一個小高潮，其惡劣程度一點不比中唐“牛李黨爭”弱。

高太后病逝，乖乖的做了九年的真孫子宋哲宗真即位，他對霸道的祖母非常怨恨。親政後，這個青年皇帝一反常態，把老奶奶的所有政治綱領全部顛個，回到其父宋神宗的改革路線。

所以在這個背景下，宋哲宗重用章惇為宰相，把他高太后最看重的司馬光的舊黨以及“元祐更化”的其他重臣打為奸佞，司馬光本人差點被刨棺掘墓。“元祐黨人”成為當時群臣最恐懼的一個羅織罪名。