張居正變法的核心是一鞭法重新丈量土地，增加商業稅，減輕底層百姓的負擔。但社會的財富就這麼多，要改革必然就會觸動一大批既得利益者。重新丈量土地，那些官僚地主士紳所隱藏的土地必然重新被丈量。隱藏的土地要交稅他們的利益必然受到損害。而恰恰他們是有權有勢的統治階級，他們必然會想方設法的破壞變法。張居正的變法使得明朝出現了難得的中興的希望，國家收入大增，百姓負擔得以減輕。但是變法也觸動了一大批既得利益者。張居正生前既是萬曆皇帝老師也有李太后的支援那些反對者無可奈何。但張居正死後那些反對者必然跳出阻止變法，往張居正身上潑髒水。

首先，張居正對待萬曆皇帝這個學生，要求過嚴，甚至苛刻。小皇帝由於疏忽學業，貪玩遊樂，幾次面臨下崗，被張居正及李太后責罰。心裡留下嚴重的隱影，甚至存在逆反心理。長大後，雖然親政，但大權，被老師張居正獨攬，心中充滿怨恨。

其次，張居正執政期間，在朝中任人為親，黨同伐異，驕橫跋扈，一手遮天。生活大講排場，奢侈豪華，為自己及家族攫取利益。張居正並未向諸葛亮同志學習，做到鞠躬盡瘁，死而後已。朝牛反對派不少，忌恨者挺多。

雖然張居正改革，讓明王朝苟延殘喘幾十年。但張一死，萬曆皇帝執掌大權，立刻遭到御史彈劾，萬曆皇帝對張居正展開政治清算，結局悲慘。

原因有很多，不過張居正死後身敗名裂也是意料之中的事情，他自己任首輔的時候作死作太多了，由此結局也是咎由自取

明朝最大大貪官絕對不是劉瑾，而是張居正。論排場、論財富、論權勢劉瑾哪能跟張太師比，一人之下萬人之上連皇帝都懼他七分。萬畝良田，豪宅遍地，三十二人大轎，家族各個腰纏萬貫。張居正自己貪就算了，還要在萬曆面前賣清廉的人設不讓萬曆花錢，等他死後就暴露出來了。除了萬曆不記恨才怪。

按照制度，萬曆未成年之時由大學士輔政那是很正常的，比如正德時期的“三楊”。但萬曆成年之後張居正不僅沒有歸政，還不停的給自己加各種頭銜。這擺明了有要架空萬曆的趨向。當萬曆正式掌權之後回過頭來想這些事情的時候就難免心有餘悸。

萬曆不聽話的時候李太后總拿張居正唬他。這讓萬曆從小就有了陰影，不僅如此李太后還曾嚴厲呵斥過萬曆說不到三十歲不得掌權。這也能萬曆嫉恨心頭

張居正執政之時，內閣、六部、地方官絕大多數都是他自己的門生，就連他的幾個兒子也在中央做事。那些反對他的人被罷官的罷官，被庭杖而死的庭杖而死。他死後這些政敵不攻擊他把他的門生和子女拉下水才怪。