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1 # 婦產科醫生雨晴
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2 # 科學小哥
genome:
一個物種的全部遺傳物質,真核生物包括核基因和質基因;
gene:按最新的分子生物學解釋,包括表達這個基因產物的全部DNA序列,包括ORF序列,內含子外顯子,啟動子,3"UTR,5"UTR,以及調控區;
ORF:在mRNA上從起始密碼子到終止密碼子之間的一段序列,該段序列可能編碼蛋白質,也可能不編碼;
CDS:能翻譯成氨基酸序列的DNA序列,從起始密碼子到終止密碼子,也就是說CDS與所翻譯的氨基酸序列存在嚴格的3對1的關係;
mRNA:基因轉錄後加工成熟用於翻譯蛋白質的序列,包括ORF(此時ORF與CDS相同)序列,3"UTR,5"UTR,5"帽子及3"Poly (A)尾;
hnRNA:核不均一RNA,是指轉錄獲得的最原始序列,沒有經過任何加工,序列包含從轉錄起始位點到轉錄終止位點的全部序列;
cDNA:透過mRNA反轉錄所得,與mRNA序列互補的單鏈DNA或者與mRNA對應的DNA雙鏈;
EST:表達序列標籤,是指從一個隨機選擇的cDNA 克隆,進行5’端和3’端單一次測序挑選出來獲得的短的cDNA 部分序列,代表一個完整基因的一小部分,在資料庫中其長度一般從20 到7000bp 不等,平均長度為360 ±120bp。由於cDNA文庫的複雜性和測序的隨機性,有時多個EST代表同一基因或基因組,將其歸類形成EST簇(EST cluster);
幾者關係:1、DNA就是表示一段脫氧核糖核酸序列;
2、包含關係:gene ∈ genome;EST ∈ cDNA;CDS ∈ ORF;mRNA ∈ hnRNA說明:基因組上包含若干基因,不多說;一段mRNA上可能包含很多個ORF(只要是以起始密碼子開始,終止密碼子結束),但是隻有能翻譯成蛋白質的ORF才能稱之為CDS;EST序列是在隨機測序過程中獲得的cDNA序列的一部分;hnRNA需要經過加工,生成成熟的功能RNA,一條hnRNA可能加工成多條mRNA,也有可能不加工成mRNA而是其他功能RNA,如rRNA,tRNA,核酶等;
3、對映關係:mRNA & cDNAmRNA與cDNA單鏈互補,且A與U互補
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CDS(Coding Sequence)特徵域被認為是DNA生成蛋白質的翻譯指令,利用CDS特徵域構建外顯子-內含子資料庫(Exon-Intron Database,EID)是研究內含子起源、進化和功能的重要手段。mRNA攜帶遺傳物質,在蛋白質合成時充當模板的RNA。真核mRNA包含包含非翻譯區和CDS區,因此,CDS是mRNA的一部分。