因為化石埋藏形態有好幾種，所以不同形態的化石會有不同的清理方式：
（一）板狀化石
板狀化石大多屬於海相沉積或是湖泊沉積，一般以魚類及昆蟲等化石居多。目前比較有名的產地；如德國的Solnhofen（曾發現始祖鳥、翼手龍）和 Holzmaden（發現魚龍、蛇頸龍）；美國懷俄明洲（發現種類繁多的魚類和棕櫚樹葉）等。
此型別化石在挖掘出土時，都是一片片石板，當石片上檢視出有化石時，往往只是該化石的一部分，由於此型別化石在地底時承受極大的壓力，所以骨骼部分幾乎都被壓成扁平狀，但是卻能儲存完整的動物骨骼，甚至面板特徵也形成印模，有時連足跡也能保留下來（如蝦子，馬蹄蟹等）所以在清理此類化石時，一般使用山型雕刻機，將附著在化石印模上一層薄薄的巖板刮除，但必須小心注意細微部分，如魚的鰭，蝦子的腳，觸鬚等部位，並把化石整個完整地修飾出來。
（二）結核性化石
動物在死亡被泥沙快速掩埋後，因為壓力與溫度的關係，使原來動物本身肉體的汁液向四周擴散而與泥砂膠結在一起，待形成化石後其周圍的部分會變得較為堅硬（相對於同一層位的岩石），所以當此岩層被擠壓上升，露出地表受到風吹雨淋的風化作用時，此化石因周圍岩石較硬，不易受風化而保留下來形成類似球狀體，稱為結核性化石，較常見的如螃蟹、菊石、魚。
清理結核性化石的困難度相當高，因為其圍巖一般而言相當堅硬，而化石本身又相當脆弱，所以首先用振動或雕刻機將大部分圍巖清除，待接近化石細微部分時，則改用噴砂機清除剩餘的岩石，但不可傷到化石本身，所以要非常地小心，手的穩定度也要夠，最重要的還是經驗，必須要控制好噴砂侵蝕岩石的速率，一但過頭就容易傷到化石。
（三）立體骨架式大型脊椎動物
立體骨架式大型脊椎動物此類化石最難清理，因為其體型較大，且往往取得時只是殘缺的片斷。再加上受地殼變動的關係，變形、部分毀損（缺手，缺腳，缺尾巴）也相當常見。在動手清理之前，必須對此動物的骨骼結構相當瞭解，或是要找出相近物種的骨骼圖進行比對，並且要記錄每一塊骨骼在挖掘時的埋藏相同位置。清理此類化石所需的工具種類最多，因在野外挖掘時，為避免傷到化石本身，往往會保留相當多的岩石在骨骼化石上，所以首先要使用較大型的振動工具，將大部分的岩石清除，再來便用中、小型振動式雕刻機將每一塊骨骼分離，並將圍巖清除，若是較細微的部分，仍需使用噴砂機清除細縫及表面的岩石。
有些化石已露出地表或接近地表很長一段時間，有受到風化侵蝕的現象，造成部分骨骼特別的鬆軟，若遇上這種情形，則需要耗費更多的時間在化石固化上，通常一方面要小心清理圍巖（不能傷到骨骼），另一方面要在清理完成部分的骨骼後，上固化劑（即一種特殊藥劑，可滲入骨骼深處，使其變堅硬），待所有的骨骼都清理完成後，再按照該動物的正確骨骼位置陳列開來，以確定其缺損或遺失的部分。
所有種類的古生物化石在清理完成後，都必須在其表面刷上透明的化石保護液，因為化石原本埋在地底不見天日，不與空氣接觸才能儲存這麼久遠，一旦將其清理出來，必須再將其表面保護起來，方能永久儲存。
因為化石埋藏形態有好幾種，所以不同形態的化石會有不同的清理方式：
（一）板狀化石
板狀化石大多屬於海相沉積或是湖泊沉積，一般以魚類及昆蟲等化石居多。目前比較有名的產地；如德國的Solnhofen（曾發現始祖鳥、翼手龍）和 Holzmaden（發現魚龍、蛇頸龍）；美國懷俄明洲（發現種類繁多的魚類和棕櫚樹葉）等。
此型別化石在挖掘出土時，都是一片片石板，當石片上檢視出有化石時，往往只是該化石的一部分，由於此型別化石在地底時承受極大的壓力，所以骨骼部分幾乎都被壓成扁平狀，但是卻能儲存完整的動物骨骼，甚至面板特徵也形成印模，有時連足跡也能保留下來（如蝦子，馬蹄蟹等）所以在清理此類化石時，一般使用山型雕刻機，將附著在化石印模上一層薄薄的巖板刮除，但必須小心注意細微部分，如魚的鰭，蝦子的腳，觸鬚等部位，並把化石整個完整地修飾出來。
（二）結核性化石
動物在死亡被泥沙快速掩埋後，因為壓力與溫度的關係，使原來動物本身肉體的汁液向四周擴散而與泥砂膠結在一起，待形成化石後其周圍的部分會變得較為堅硬（相對於同一層位的岩石），所以當此岩層被擠壓上升，露出地表受到風吹雨淋的風化作用時，此化石因周圍岩石較硬，不易受風化而保留下來形成類似球狀體，稱為結核性化石，較常見的如螃蟹、菊石、魚。
清理結核性化石的困難度相當高，因為其圍巖一般而言相當堅硬，而化石本身又相當脆弱，所以首先用振動或雕刻機將大部分圍巖清除，待接近化石細微部分時，則改用噴砂機清除剩餘的岩石，但不可傷到化石本身，所以要非常地小心，手的穩定度也要夠，最重要的還是經驗，必須要控制好噴砂侵蝕岩石的速率，一但過頭就容易傷到化石。
（三）立體骨架式大型脊椎動物
立體骨架式大型脊椎動物此類化石最難清理，因為其體型較大，且往往取得時只是殘缺的片斷。再加上受地殼變動的關係，變形、部分毀損（缺手，缺腳，缺尾巴）也相當常見。在動手清理之前，必須對此動物的骨骼結構相當瞭解，或是要找出相近物種的骨骼圖進行比對，並且要記錄每一塊骨骼在挖掘時的埋藏相同位置。清理此類化石所需的工具種類最多，因在野外挖掘時，為避免傷到化石本身，往往會保留相當多的岩石在骨骼化石上，所以首先要使用較大型的振動工具，將大部分的岩石清除，再來便用中、小型振動式雕刻機將每一塊骨骼分離，並將圍巖清除，若是較細微的部分，仍需使用噴砂機清除細縫及表面的岩石。
有些化石已露出地表或接近地表很長一段時間，有受到風化侵蝕的現象，造成部分骨骼特別的鬆軟，若遇上這種情形，則需要耗費更多的時間在化石固化上，通常一方面要小心清理圍巖（不能傷到骨骼），另一方面要在清理完成部分的骨骼後，上固化劑（即一種特殊藥劑，可滲入骨骼深處，使其變堅硬），待所有的骨骼都清理完成後，再按照該動物的正確骨骼位置陳列開來，以確定其缺損或遺失的部分。
所有種類的古生物化石在清理完成後，都必須在其表面刷上透明的化石保護液，因為化石原本埋在地底不見天日，不與空氣接觸才能儲存這麼久遠，一旦將其清理出來，必須再將其表面保護起來，方能永久儲存。