雍正繼位後，嚴厲鎮壓了曾與他爭奪皇位的兄弟，將允題長期幽禁，將兄弟允祀．允唐害死，貶斥了康熙的親信，並且藉故禁錮殺害了隆科多和年大大，為了對付政敵和仇人，他實行特務統治，還與綠林俠客創造出一種暗殺利器，稱為血滴子。暗殺時，把血滴子往被害者頭上一罩，撥動機關，頭顱就被割落於囊中，再用化骨藥水化成血水。

雍正在位期間，在西南少數民族地區實行改土歸流等措施，平定了青海和碩特部貴族的叛亂，反擊了準葛爾部貴族的騷擾，與沙俄訂立了《中俄布連斯奇界約》《中俄恰克圖界約》，劃定了中俄中段邊界。同時雍正大興文字獄，嚴厲鎮壓知識分子中的反清思想，竭力強化君主專制。

雍正是在康乾盛世前期--康熙末年社會出現停滯的形式下登上歷史舞臺的。複雜的社會矛盾，為雍正提供了施展抱負和才幹的機會。他有步驟地進行了多項重大改革，高瞻遠矚，又惟日孜孜，勵精圖治，十三年中取得了卓有成效的業績，為後代的乾隆打下了紮實雄厚的基礎，使“康乾盛世”在乾隆時期達到了頂峰。他的歷史地位，同乃父康熙和乃子乾隆相比，毫不遜色。儘管他為人冷峻，猜忌多疑，統治嚴酷，但比起他的業績來，畢竟是次要的。

雍正以前，滿族統治者沒有確定的傳位定例，所以在努爾哈赤和康熙死後，兩次引起皇位之爭，雍正吸取這一教訓，認為立皇子是國家大計，與一般的政治不同，不能由大臣議定，應由皇帝獨斷，但如公開立一皇子，又將引起兄弟的明爭暗鬥，惹出禍來，所以，他決定將自己選定皇太子的詔書，在生前寫好，密封藏在錦匣裡，放置在乾清宮正大光明匾額後面。皇帝死後，由總管太監取出，當眾宣讀。

雍正十三年（1735年）8月23日，太監見雍正到黃昏還沒有起床，也不見帳內有什麼響動，便起疑惑，忙去稟告皇后。據說，皇后趕來揭開龍帳一看，雍正已經暴死於床上。其中真相，宮內一直諱莫如深，不敢聲張，後來才漸漸透露出來。原來，雍正在位時，浙江有一個隱居不肯做官的文人叫呂留良，著有許多著作。他死後，有人告發他的著作有反清思想，雍正下令將其剖棺戮屍；著作焚燬，子孫和族人有的被殺，有的被流放到黑龍江；呂留良的孫女呂四娘，學有一身武藝，她事先得知朝廷滅她家族，便奉著老母逃離家鄉，隱姓埋名，浪跡江湖。立志要報此家仇。七年後的一天晚上，她翻進圓明園宮內，潛入皇帝臥室，將雍正刺殺於龍床之上。

有人依據《起居手冊》雍正、乾隆兩朝《實錄》和《清史稿》，認為雍正遇刺純屬傳說，實際上雍正是積勞成疾而病死，屬於正常死亡。

雍正死後廟號為世宗憲皇帝，史稱雍正皇帝。