辣椒菌核病可為害辣椒整個生長期。辣椒苗期時感染菌核病後，植株莖基部初期呈水漬狀淺褐色斑，後變棕褐色。潮溼時皮層腐爛，上生白色菌絲體，幹後呈灰白色，莖部變細，最後全株死亡。

成株期主要發生在距地面5～20釐米處莖部和枝杈處，病部初呈水漬狀淡褐色斑，後變為灰白色，向莖部上下擴充套件，溼度大時，病部內、外著生白色菌絲體，莖部皮層黴爛，並形成許多黑色鼠糞狀菌核，最後引起落葉、枯萎死亡。當辣椒果實感染菌核病後，辣椒果實表面首先發生褐變，呈水狀腐爛，並逐漸擴充套件到整個果實，其中有些會從臍部擴充套件到整個果實腐爛，然後形成黑色不規則的菌核，導致果實脫落。

菌核病菌主要是潛伏在土壤裡越冬，也會寄附在種子裡越冬。條件適宜，菌核開始萌發產生子囊盤和子囊孢子。子囊孢子經氣流、水流傳播侵染植株根莖部或基部葉片及其他組織，發病後產生菌絲，受害病葉與鄰近健株接觸、農事攜帶可傳播病害。

菌核還可以產生菌絲侵入植株的莖基部或接近地面的葉子。菌絲生長適宜溫度範圍較廣，20℃最適宜，喜潮溼，不耐乾燥。相對溼度85％以上有利於發病，低於75％明顯受抑制，乾溼交替則有利於菌核形成。

辣椒菌核病發病中期，植株發病部生長出白色絮狀菌絲，這些菌絲會形成新的菌核病原體再次感染辣椒。

辣椒菌核病發病後期產生的菌核病原體會落入土壤時潛伏越冬。菌核在0～35℃均可萌發，適宜溫度5～15℃，高於50℃5分鐘即死亡；在乾燥土壤中菌核可存活3年以上，潮溼土壤中也能存活1年。子囊孢子萌發溫度為5～35℃，發育適宜溫度為5～10℃、相對溼度為85％以上。

土壤中所含的有效菌核病數量對於病害發生程度有非常大的影響。在新的保護地或輪作溫室中，土壤中所殘留的菌核病原體較少，發病率會比較輕，如果土壤裡所殘留的菌核病原體較多，辣椒菌核病發病率會非常高。85%以上的空氣相對溼度會引起嚴重病害，65%以下的空氣相對溼度有可能會不發生病害，就算髮生也是輕微病害。

辣椒菌核病農業防治方法：控制棚內的溼度；一旦發現病株，及時清除出棚並燒燬。病株位置的土壤撒上生石灰防止病菌擴散。

辣椒菌核病藥劑防治方法：發病初期，選擇晴天上午9～10時噴灑45％噻菌靈懸浮劑800～1200倍液，或50％腐黴利可溼性粉劑1000～2000倍液，或50％多菌靈磺酸鹽可溼性粉劑800倍液噴霧，或40％嘧黴胺懸浮劑800倍液，或40％菌核利可溼性粉劑400倍液，或65％甲黴靈可溼性粉劑500倍液，或50％乙烯菌核利可溼性粉劑1000倍液，或10％多氧黴素可溼性粉劑800倍液，噴灑後應結合棚內通風，降低棚內的溼度，這對於提高防治有幫助。

遇陰雨天氣時，棚內畝用45％腐黴利煙霧劑200～300克，分6～10處，於下午4～5時點燃後閉棚16～20小時。每隔5～7天防治次，連續防治2～3次。

辣椒菌核病、苗期染病，莖基部初呈水浸狀淺褐色斑，後變為棕褐色，迅速環腐，幼苗猝倒。溼度大時長出白色棉絮狀菌絲或軟腐，乾燥後呈灰白色，病苗呈立枯狀死亡。成株染病，主要發生在距5~22cm處莖部或莖分權處，病部出現水浸狀淡褐色病斑，病部往往有褐色斑紋，病斑繞莖一週後引起上面的枝幹枯死，溼度大時，病部表面生有白色棉絮狀菌絲體。發病後期，在病莖表面和髓部產生黑色菌核，菌核鼠糞狀，球形或不規則形。乾燥時，植株表皮破裂，纖維束外露似麻狀，個別出現長4~13cm灰揭色輪紋斑。花、葉、果染病亦呈水浸狀軟腐，致使葉片脫落。果實染病，果面先變為褐色，呈水浸狀腐爛，逐漸向全果擴充套件，有的先從臍部開始向果蒂蔓延，最後擴充套件到整個果實並導致果實腐爛，表面長有白色棉絮狀菌絲體，發病後期，其上結成黑色不規則形菌核。

在辣椒結果盛期，發病開始並逐漸加重，可用下列藥劑進行防治:

50%乙烯菌核利懸浮劑600倍液+

70%代森錳鋅可溼性粉劑600倍液;

50%異菌脲懸浮劑800倍液+

25%戊菌隆可溼性粉劑600倍液;

40%菌核淨可溼性粉劑600倍液+

50%克菌丹可溼性粉劑400倍液;

30%異菌脲·環已鋅乳油900倍液;

66%甲硫·黴威可溼性粉劑1500倍液+70%代森錳鋅可溼性粉劑800倍液;

50%腐黴利·多菌靈可溼性粉劑1000倍液+50%克菌丹可溼性粉劑400倍液;

50%腐黴利可溼性粉劑800倍液+

36%三氯異氰尿酸可溼性粉劑600倍液:

45%噻菌靈懸浮劑800倍液+

50%福美雙可溼性粉劑600倍液;

20%甲基立枯磷乳油600倍液+

5%水楊菌胺可溼性粉劑300倍液;

50%多·菌核可溼性粉劑600倍液+

50%敵菌靈可溼性粉劑500倍液;

對水噴霧，噴根莖和周圍地面，

每畝噴藥液60L，視病情間隔7天噴1次。