《深空失憶》故事發生在2174年文明高度發展導致人口數量劇增，地球上壞境急劇惡化也沒有足夠的資源維持生存。

人類開始在宇宙中尋找新的生存地，終於在浩瀚的宇宙裡發現了名叫坦尼斯的類地星球，星球上所擁有的資源和地球相仿，於是人類朝著這片淨土發射了一艘載著6萬人的移民飛船.

因為到達坦尼斯需要123年人們都進入了深眠模式，船員則以三人為一組每三年輪換一次。某天身為工程師的鮑爾被喚醒了但是由於長期處在深眠狀態他患上了一種不僅會短暫失憶還會產生幻覺的疾.

潘多姆然而鮑爾發現自己被困在駕駛艙，飛船也不知為何停止了執行，隨後鮑爾的上司佩頓也被喚醒但是佩頓也無法馬上查明原因。

核反應爐導致飛船不斷搖晃，鮑爾決定順著通風管爬出去一探究竟，但途中他竟被一個妹子制服了，而突然發出的異響又讓妹子立刻躲藏起來，鮑爾隨即也躲到暗處.

他看見發出異響的不明物體，不僅力氣大速度快還以食人為生，毛骨悚然而鮑爾知道飛船堅持不了多久，他一定要儘快趕去手動設定核反應爐，在他前往反應堆的路上.

他就下了弩哥但遭到怪物攻擊的弩哥很快便下線了，鮑爾則被一名身手矯健的越南小哥救下，又碰巧遇上剛剛制服他的妹子娜迪爾，於是三個人決定一同前往核反應爐一行人又遇到土著大叔.

大叔表示自己已經甦醒很長時間，還為他們做了可口的食物，並講了一個很下飯的恐怖故事，當時輪班的三名船員收到來自地球的訊息，聲稱飛船上的人類是僅存的人類地球已經毀滅.

然而在輕微的潘多姆症狀下聽到這個訊息的三個人都崩潰了，開始自相殘殺最後活下來的那名船員則認為自己是宇宙和人類的主宰，開始隨意喚醒飛船上的人.

迫使大家互相傷害甚至吃人，這樣持續了一段時間後他竟然玩膩了，於是回到休眠艙繼續睡覺，但那些被放出來的人類在加速液和吃人的影響下變成了可怕的怪物.

而飛船早已失去控制在太空中飄蕩，故事聽到這裡三個人都暈倒了，原來土著大叔為了生存決定把他們吃掉，在知道他們要去核反應堆重啟飛船時有選擇放了他們.

三人再次上路突破重重困難成功重啟飛船同樣他們也遭到了大批怪物的攻擊，越南小哥在鬥爭中犧牲而奸詐的土著大叔卻啟動開關把鮑爾和娜迪爾關在控制室外無奈的兩人只好再去尋找其他出入口.

而一直呆在控制室的上司佩頓已經產生了幻覺，在給他自己打了一管鎮定劑後他漸漸恢復了記憶，而他並不叫佩頓而是蓋倫，年輕時的他正是多年前那名發了瘋的船員.

就在這時土著大叔闖了進來，他則打爆了大叔的眼睛，隨後鮑爾和娜迪爾也回到控制室，但飛船外他們看到的不是浩瀚的星河，而是一群閃著光的透明海洋生物.

原來他們早已到達坦尼斯，而無人駕駛的飛船現在正沉在海底漸漸恢復記憶的鮑爾也想起了蓋倫所做的一切，雙方開始扭打在一起，過於殘酷的現實讓他出現了幻覺.

看到怪物就出現在自己眼前瘋狂射擊的他將飛船裡的玻璃全部打碎海水兇猛的湧進來淹死了蓋倫而鮑爾和娜迪爾則躲進休眠艙被飛船彈射出海面同時,

故障的飛船還彈射出了1213個完好的深眠艙，剩下的一千多名人類將在坦尼斯延續人類輝煌的文明，而這一年被稱為坦尼斯元年。