主要有三點原因：

1.功高蓋主

2.鋒芒畢露，暫避鋒芒

3.放過諸葛亮，也是給自己機會，畢竟魏國能和諸葛亮抗衡的也就他自己，司馬懿深知這一點，魏帝曹睿也深知這一點，諸葛亮在，則司馬懿在。

司馬懿原本是魏國兵馬總督，卻因蜀國諸葛亮用馬謖之計離間，而被貶為庶民，險些丟了性命。諸葛亮率軍入侵時，魏軍連連敗退，一時間無人能敵。魏帝曹睿在恐慌下出於無奈才依謀臣舉薦起用司馬懿。曹睿當時之所以貶司馬懿，是出於對他存有戒心，二度起用實屬無奈，如果司馬懿僅用一仗就將不可一世的諸葛亮生擒，那麼司馬懿在曹睿眼裡就非除不可了，過於聰明的人，對皇帝來說就像懸在頭上的一把劍，令其寢食難安的。

關於空城計是三國演義小說上的，不管怎麼說按三國演義從開始作者就埋下伏筆，前面把諸葛亮敘述成一個處處小心謹慎的人，司馬懿敘述成一個多疑的人，諸葛亮一輩子從不用險，到最後迫不得已才用空城計，而司馬懿又多疑，知道諸葛亮從不不用險，自己中諸葛亮計吃了不少虧，所在空城計面前又怕中計才兵退四十五里。當知道實情時已晚了。

在此首先要為歷史，為司馬懿匡正一下：空城計是《三國演義》虛構出來精彩的故事，諸葛亮那次出祁山魏軍的將領根本就是不司馬懿，更不會有空城計。不僅如此，諸葛亮舌戰群儒、借東風、周瑜群英會、草船借箭、曹操逃跑時被趙雲、張飛截殺、關羽華容道放曹都是三國演義虛構的故事。三氣周瑜也是三國演義的藝術手法，歷史上周瑜叱吒風雲時諸葛亮才剛剛出道，不是一個當量上的人物。

但《三國演義》寫的太精彩太深入人心了，以至於許多故事與歷史傻傻分不清。

空城計既然是小說中的創作手法，那這個為什麼就只能回答是羅貫中為了使故事更精彩，更懸扣人心，抬高諸葛亮的地位而創作的。

曹操活著的時候，特意警告後輩，司馬懿的隱患在曹氏家族中發揮影響，“此人鷹目狼視，不可賦予兵權”，“司馬懿你必須用他，但要永遠提防著他”。

曹操作為一個政治家，一個不可多得的領袖，早就洞穿了司馬懿的能力和野心。曹操的後輩不及曹操的知人之明，但都牢記了曹操的警告，深信司馬懿的潛在危險。

在曹睿執政初期，司馬懿就被排擠出權力中心。

司馬懿知道在孔明心中，他才是最強的對手，於是將計就計，把孔明捧高了，以便增加自己的重要性，這樣曹家的人不能把司馬懿排擠出權利中心。

如果把孔明活捉，或殺死，對司馬懿家族都非常不利。因為最強對手孔明一死， 司馬懿對曹家的利用價值立即減半，曹睿不用司馬懿也可以。

所以說，孔明與司馬懿的關係互相成就，既是天敵，也是百年不遇的知音。只有孔明繼續北伐，司馬懿才有利用價值，才不會被曹氏家族壓制，才有繼續掌握軍權的機會，司馬懿的後代才安全。

然而一旦孔明死了，司馬懿一家很快也會死。

所以，司馬懿對空城計，將計就計。

當時司馬懿還是曹魏政權的一個重人物，還不足也把持朝政。孔明知道司馬懿不會功城，他設空城計只不過是遮人耳目，司馬懿回去有一個交代。

司馬懿也知道是空城 他們倆個人都是大智慧的人，心心相通。

兔死狗烹，鳥盡弓藏這道理他們都心知。

所以司馬懿是決不會功城的。