謝邀！遺傳基因的變化有三種情況，一是突變，二是正常隨外部環境的變化而變異，三是病、細菌感染的異變，遺傳基因的變異只有第二種情況是正常的，它很漫長也會越變越好，越能適應環境和生存需要！第一種突變是受外界的強能量干預(比如核輻射，宇宙能量照射等)基因突變會完全改變受體的外形、體貌、智力等!有些會很強，強出同類生物很多，有些會很弱，弱到很快死亡！第三類異變也是兩種結果，一類適應病、細菌和諧共處，甚者產生抗體，另一類也是弱到死亡。

我認為基因變異是由於地球上新生生物的出現（例如超級細菌，致病菌），他打開了人基因變異的開關，人和動物如果自然淘汰基因不會突變，如果藥理治療基因不會突變，如果化學治療基因容易突變。

我們首先要明確一個概念，遺傳資訊只會從DNA傳遞到蛋白質，而不會逆向傳遞。換句話說個體不會因為外在變化而影響遺傳的穩定性。一個截肢者，他的後代不會沒有腿。我想這一點你是明白的。

再說你舉的那幾個例子，隱隱指向“用進廢退論”。這個理論其實早已經被達爾文和孟德爾駁斥過，不過到今天為止“用進廢退論”依然有他的蠱惑性——人尾巴怎麼沒了？按遺傳進化論和自然選擇學說，沒有證據證明無尾巴更易於生存，動耳肌也是如此。對於這個現象，你得區分個體器官的“用強廢弱”和基因“用進廢退論”的本質區別。

那動耳肌來說，由於人類社會的發展，我們再不需要時刻豎起耳朵傾聽周圍動靜，警惕外來的突然襲擊或者捕食獵物。用的少，動耳肌肌肉神經得不到刺激也就功能弱化。那還有沒有這個基因呢？有的，也在表達，只是我們不用，功能退化了。類似的證據很多。我們拿模型來簡單理解，如果一個小孩很小就是高位截癱，他的下肢肌肉骨骼因為得不到足夠刺激，長大後會極度萎縮。但是下肢基因是正常表達的，他的孩子自然有腿。如果他的孩子甚至子子孫孫也和他一樣從小高位截癱，他們家代代都是下肢萎縮，這個現象能不能證明下肢萎縮是遺傳呢？顯然不能。動耳肌退化的模式和這個類似。

人類器官的用強廢弱並不會造成基因改變。能夠改變基因的無非是外界因素導致的突變或者異變，以及自然環境對優勢基因的篩選。不過隨著遺傳學研究的不斷深入，科學家發現有很多基因會因為環境差異而出表達差異。比如一段編輯熱休克蛋白的基因，環境高溫時它會表達，低溫則失去表達活性。最近幾年炒作的很火的基因檢測，其實就是對疾病易感基因的檢測，疾病易感人群的基因編碼出現小誤差，導致在日常生活飲食或者生存環境中某種疾病更容易被誘發，這算是你所說的基因開關的意思。

另：尾巴這事說不清，因為靈長類有尾和無尾的分化遠在人類文明產生之前，有可能和自然選擇有關——由於某個特殊原因，有尾猿人生存環境更加惡劣導致有尾基因群體被淘汰。生物界歷史太悠久，這麼長時間，什麼都有可能發生。植物最早從藻類進化到蕨類從而首次成功登上陸地花了將近二十億年。

首先得指出基因突變不管是DNA複製時內部產生的自發突變，還是外部環境中的物理化學及生物因素產生的突變都有可能發生在基因表達的調控區而影響基因表達水平，如突變發生在基因編碼區5‘端的轉錄啟動子或增強子區可改變轉錄水平，突變發生在mRNA5"非編碼區可改變翻譯水平。逆轉錄病毒基因隨機插入人基因組不僅會引起變異，而且可導致插入片段鄰近區突變數增多。引起一些無法預計的基因表達變化。