因為隋文帝得國不正，殺光宇文氏是為了斷絕有人利用宇文氏後人的名義來討伐篡位的楊家，而善待陳後主，是為了向天下展示新王朝的仁慈，以穩定南方，種種手段都是政治手段，維護王朝穩定。

當時楊堅以外戚身份篡權成功而上位，地位並不穩固，國家也沒有統一，為防止宇文氏反撲復國，也為了防止朝中大臣借宇文氏之名作亂，更為了自己能保全性命和來之不易的皇權江山基業，選擇了殺光宇文氏後人，一勞永逸的解除後患.而到了陳後主時，隋朝已經建立起來，在打下南朝後國家已經實現疆域統一，為了收買人心，實現對新徵服的南朝地區的穩定統治，結束自南北朝以來數百年南北分裂動亂的局面，更重要的是解除緩和北方鮮卑族和南方漢人的民族矛盾，實現民族和解和隋朝的長治久安，保全陳朝後人並給與一定的政治待遇，這是作為隋帝國的最高統治者隋文帝楊堅必須做出的政治姿態！

這個問題應該換個提法: “為何隋文帝把宇文氏殺的一個不剩，對陳朝後人卻一個不殺”。

隋文帝在北周篡位立隋在前，消滅南陳在後，故此得先說誅殺宇文氏，再說對待南陳後人的故事。另外，隋文帝也沒有把宇文氏殺的一個不剩，還是留了幾個的,譬如《資治通鑑》記載：楊堅營建新皇城時任命的“營新都副監”宇文愷，應該就是宇文氏族的人。楊堅殺的宇文氏族的人，都是封“公”字號的正經皇室血統子孫。

扯遠了，回答問題。

楊堅篡位成功後，與歷史上在朝篡位成功的新帝王一樣，擔心舊朝皇室子弟子孫復仇，肯定要搞一場血洗運動的，說斬草除根也好，說清理異己也好，屬於新舊王朝交替時的慣例，雖然殘忍，也屬正常。

而楊堅即位後拿下南陳，活捉南陳皇帝陳叔寶和他的百官大臣，從建康帶往長安。實行的是懷柔政策。

把這些亡國奴帶回長安後，楊堅還裝模作樣的地在廣陽門把上至陳叔寶和皇太子、宗室諸王共二十八人，下至百官大臣二百餘人集合起來，先讓納言官宣讀詔書安撫慰問一番，又讓內史令宣讀詔書，責備這幫不成器的人君臣不能同心以至於亡國，隨後赦免這群亡國奴無罪。

楊堅打心眼兒裡是看不起南陳皇帝陳叔寶的，這個昏庸無能又膽小如鼠的玩意兒，國破時竟然不顧忠臣袁憲的苦苦阻攔，帶著張貴妃、孔貴嬪跳到了井裡。但為了做好懷柔範兒，楊堅十分的善待他，賜給他許多財物，接見時讓他和三品以上公卿同班站隊。參加宴會時，怕引起他的亡國之悲，囑咐辦事的不要奏吳地音樂。但這傢伙得了便宜賣乖，還恬不知恥地請求監護看守他的官員給楊堅捎個信兒，請求賞他個官號，理由是經常參加朝會宴集，沒個官名不方便。楊堅聽了奏報，哭笑不得地說：陳叔寶真是全無心肝啊。

監護看守官又奏報說陳叔寶經常酩酊大醉，楊堅問：他每天喝多少酒？回答說他和家人一天能喝一石酒，楊堅嚇了一跳，下令限制他的供酒量。又一想：算了吧，不用管他，不讓他天天大醉，他咋打發日子呢?

這樣一個類似阿斗的傢伙，楊堅相信他再也翻不起浪花。但也不敢掉以輕心，對南陳的亡國大臣裡有節氣的，比如袁憲，楊堅讓他做了昌州刺史。對帶到長安的南陳宗室子弟，楊堅把他們分散安排到邊遠州郡，分給田產讓其自食其力。消除他們聚堆惹是生非的隱患。

一個是篡位斬草除根消除隱患的屠戮，一個是對待亡國昏君的懷柔。二者沒有可比性。