由於晉朝司馬氏皇權不斷衰落，司馬姓的貴族為免被迫害，很多改換他姓。東晉王朝滅亡以後，司馬氏步入平穩發展時期，歷史上複姓改單姓的規律，司馬氏有許多改為司氏、馬氏、同氏、仝氏、馮氏等。

晉朝沒有真正結束曹魏亂象，實現國家統一。八王之亂，司馬氏自相殘殺。五胡亂華，戰亂不斷。晉朝滅亡後，因為司馬是皇姓，所以難免被迫害。當然也有些人為了避亂，選擇了改姓。

司馬姓現在較少的主要原因一是戰亂下的屠殺，二是改姓避禍。

司馬姓本身歷史上來源就比較龐雜，基本上是擔任過“司馬”這一官職的後人以此為氏。其中最顯赫的一支，河內溫縣司馬（即司馬懿、司馬師、司馬昭、司馬炎的那一支）作為皇族在公元3世紀到公元5世紀統治了中國150餘年。但如今全中國10多億漢人中，司馬姓僅有兩萬多人，大約佔幾千分之一。

司馬姓人丁不廣，首要原因是在戰亂遭到的殺戮。歷史上王朝覆滅，晉朝算是比較悽慘的之一。西晉滅亡前，司馬姓王爺們自相殘殺滅了一大批；西晉滅亡時，留在北邊的司馬姓被劉淵石勒等少數民族屠了一大批。到東晉末年，劉裕要篡位，前後又把司馬皇族殺了一大批，連皇帝都殺了兩個。還有些司馬族人逃到北邊，但在北邊也不安生，參合到北邊政權的鬥爭中，又被殺了一批。

這麼殺來殺去，原本人丁繁茂的司馬家族也就剩的不多了。

而剩下的這些，很多也改了姓氏。改姓氏一則是為了避免被殺，二則是複姓改成單姓。很多司馬氏的人，把自己的姓氏改成司氏、馬氏、同氏、仝氏、馮氏等。

這麼一來，還堅持司馬姓的人也就沒那麼多了。