一、兩者化學本質不同

VSEPR就是價層電子對互斥理論模型，價層電子對互斥模型是將共用電子對與孤對電子的概念，與原子軌道的概念相結合，且電子斥力達到最小。在這個模型中電子對相互排斥，成鍵電子與孤對電子距離越遠越好。VSEPR模型以最簡單的方法形象化了化學變化，也很容易判斷物質的空間構型。

分子立體構型即分子的空間構型是指分子中各種基團或原子在空間分佈的幾何形狀。分子中的原子不是雜亂無章地堆積在一起，而是按照一定規律結合的整體，使分子在空間呈現出一定的幾何形狀。如果確定了某分子內化學鍵的鍵長和鍵角資料，那麼這個分子的幾何構型就確立了。

二、兩者化學特性不同

價層電子對互斥理論(英文VSEPR)，是一個用來預測單個共價分子形態的化學模型。理論透過計算中心原子的價層電子數和配位數來預測分子的幾何構型，並構建一個合理的路易斯結構式來表示分子中所有鍵和孤對電子的位置。

分子立體構型進行sp雜化時，每個雜化軌道由1/2(ns)軌道和1/2(np)軌道組合而成，兩個雜化軌道之間的夾角為180°。因此由sp雜化軌道構成的分子具有直線形的構型。同一個原子內的ns軌道與兩個np軌道雜化，形成三個等同的sp2雜化軌道，並分別與自旋相反的電子結合。

價層電子對互斥理論(VSEPR)的基礎：

價層電子對互斥理論的基礎是，分子或離子的幾何構型主要決定於與中心原子相關的電子對之間的排斥作用。該電子對既可以是成鍵的，也可以是沒有成鍵的（叫做孤對電子）。只有中心原子的價層電子才能夠對分子的形狀產生有意義的影響。

分子中電子對間的排斥的三種情況為：

1、孤對電子間的排斥（孤-孤排斥）；

2、孤對電子和成鍵電子對之間的排斥（孤-成排斥）；

3、成鍵電子對之間的排斥（成-成排斥）。

注：分子會盡力避免這些排斥來保持穩定。當排斥不能避免時，整個分子傾向於形成排斥最弱的結構。孤對電子間的排斥被認為大於孤對電子和成鍵電子對之間的排斥，後者又大於成鍵電子對之間的排斥。因此，分子更傾向於最弱的成-成排斥。