1、內容不同：ERP是指企業資源計劃，是建立在資訊科技基礎上，以系統化的管理思想，為企業決策層及員工提供決策執行手段的管理平臺。HRP是指醫院資源規劃，是整合醫院已有資訊資源，建立一套支援醫院整體執行管理的統一高效、互聯互通、資訊共享的系統化醫院資源管理平臺。

2、目的不同：HRP建立面向合理流程的扁平化管理模式，最大限度發揮醫院資源效能，可有效提升傳統HIS的管理功能，從而使醫院全面實現管理的視覺化，使預算管理、成本管理、績效管理科學化。ERP 具有整合性、系統性、靈活性、實時控制性等顯著特點。ERP 系統的供應鏈管理思想對企業提出了更高的要求，是企業在資訊化社會、在知識經濟時代繁榮發展的核心管理模式。

3、功能不同：HRP是醫院管理者善用一切資源和手段不斷推進醫院管理創新的工具，是醫院實現“人財物”、“醫教研”、“護藥技”管理科學化、規範化、精細化、可持續發展和戰略轉型的支撐環境，是醫院樹立整體觀、服務觀、效益觀、社會觀及推動醫院謀求發展的推動力。ERP 是一個以管理會計為核心可以提供跨地區、跨部門、甚至跨公司整合實時資訊的企業管理軟體。針對物資資源管理（物流）、人力資源管理（人流）、財務資源管理（財流）、資訊資源管理（資訊流）整合一體化的企業管理軟體。