支付機構主要為收款人和付款人之間提供支付服務，向收款人收取手續費，向銀行支付手續費，賺取手續費的差價。同其他企業一樣，第三方支付機構在市場上提供商品和服務，獲取收益並賺取利潤。

第三方支付機構費率的計算，本質上是研究支付機構定價機制。截至2017年底，第三方支付機構有247家，行業競爭激烈，定價方式大多采用成本加成的模式。 支付機構的成本主要由銀行手續費、人工成本、裝置成本、辦公場地成本等構成，其中佔比最大的是銀行手續費。支付機構支付給銀行的手續費主要包括支付機構為網際網路使用者提供支付服務時，資金由客戶銀行賬戶轉入支付機構備付金賬戶以及由支付機構客戶備付金賬戶轉入商戶或客戶賬戶過程中銀行收取的手續費。

根據華人民銀行支付結算司釋出《關於將非銀行支付機構網路支付業務由直連模式遷移至網聯平臺處理的通知》，要求自2018年6月30日起，支付機構受理的涉及銀行賬戶的網路支付業務全部透過網聯平臺處理，各銀行和支付機構應於2017年10月15日前完成接入網聯平臺和業務遷移相關準備工作。

網聯提供的支付產品包括：

一、協議支付。協議支付是指支付機構在事先或首筆交易時分別取得客戶和銀行協議授權的前提下，向客戶銀行賬戶發起支付指令扣劃資金的交易。

二、閘道器支付。閘道器支付是指透過支付機構發起，跳轉至銀行閘道器驗證客戶身份資訊和銀行賬戶資訊後，向客戶銀行賬戶發起支付指令扣劃資金的交易。

四、退款。退款是指支付機構基於原已成功的協議支付或閘道器支付交易發起的資金回退業務。

在四個產品中，協議支付和閘道器支付的費率需要支付機構與銀行進行商業談判，費率水平大多在1‰-5‰之間；付款和退款目前銀行根據備付金銀行賬戶餘額情況免於收取或按交易數量收取固定費用。

支付機構根據自己的成本構成結合商戶的交易規模，在銀行手續費基礎上採用成本加成的模式，加收一定比率確定手續費率。