題主所說的情況，有以下幾個原因

一:浮動票價。從2018年4月份起，鐵路部門下調了28條城際鐵路部分動車組列車票價，部分線路的折扣達到了20%。也就出現了題主所說的情況，始發車站和終到車站，執行路線也一樣，就首先想到這個原因。例如在成渝高鐵執行的高鐵，從成都東到沙坪壩，二等座票價在136—151元之間。票價浮動是鐵路市場化改革的重大成果，實現了一日一價，票價有上升也有下降。

二、執行的路線不一樣。隨著中國高鐵建設的日益完善，從一座城市到另一座城市，往往有多種選擇。鐵路部門為了照顧到更多的群眾出行，也會安排不同的線路出行，也會導致票價不一樣。這裡面情況細分就多了，比如線路隧道多，造價就高了費用也就高了；高鐵線路票價要高於客運專線、城際鐵路等。例如，以重慶北到南京南為例，兩種不同的線路，用時不同，票價也就不同。

三、線路執行的列車型號不一樣。執行在同一高鐵線上，同樣的車廂級別，一般情況下復興號車票要貴於和諧號，和諧號CRH380要貴於和諧號其他車型。

同樣行駛在成貴高鐵，二等座復興號票價要高於和諧號二等座票價。同樣，和諧號之間，票價也有差別。

四、環線高鐵中，內環與外環方向不一樣，票價也就不一樣。

同樣是美蘭到三亞，C7325與C7412票價不一樣，因為兩者執行方向不一樣。