這個問題五百年來一直有爭論 正史記載是死了 但是民間傳說是出逃了 一說是逃到福建一代出家為僧 一說是在福建為僧後又逃到貴州 因為在貴州的紅崖天書被現在人破解 內容是 建文帝所寫的討伐檄文 至於到底是怎麼樣 估計現在沒有人敢下定論

個人傾向於逃了，因為如果死了朱棣就可以找個屍首哭上一番安心上位，不必各路尋訪。反而很難確定的情況下傳言自盡才能勉強上位，才更要殺盡舊臣。而且前幾年有個山上刻字已經基本證實了。不至於提前藏好度牒，但有可能在親信護送下逃出去，否則在朱棣入京前後應當有建文帝出現的記錄，然而現在為止並沒有見到隻言片語，有可能這時候建文帝料定必敗已經隨人潛逃了。有讀過明史大拿們有不同觀點歡迎指正

他的叔叔悍然發動了靖難之役，朱允文和朱棣死磕了4年後，由於朱允文重用百無一用的書生齊泰和黃子澄，加上朱元璋臨死前，為了朱允文的前途，為了防止武將們作亂。朱元璋殺了許多能征慣戰的武將，致使在靖難之役時候，朱允文沒有大將可派，只有一個草包將軍李景隆可用。（朱棣）

最後，李景隆不但葬送了朱允文的百萬軍隊，他在朱棣逼近南京時，開金川門迎敵，致使南京失守。

朱棣攻進了南京城，朱允文在南京失守時，在宮殿放了一把火，整個皇宮燒的面目全非，朱棣到處尋找朱允文的下落，但一無所獲。

也不知道朱允文是在大火中喪生了，還是已經逃出了皇宮，這成了千古之謎。誰也說不清楚，朱允文生不見人，死不見屍，彷彿從人間蒸發一樣，朱棣在後來多次派人四處尋找，甚至鄭和下西洋的任務就有尋找朱允文的下落這事。總而言之，朱棣窮極一生都沒弄清朱允文的下落。

不過，民間對朱允文的下落有好幾種傳說。

版本一、有種說法認為，建文帝並沒有死，在放了一把火後，朱允文逃出了南京城，到了雲南的一個寺廟當了和尚。（朱允文）

事情經過是這樣的，在燕王朱棣兵圍南京城時，朱允文眼看大勢已去，走投無路的朱允文欲自盡殉國。就在這當兒，突然跑進了他貼身的太監小李子，小李子急忙奉上了一個密匣。並告訴朱允文，太祖皇帝臨終前讓我交給你，說是要你親自開啟密匣。

朱允文接過密匣，開啟層層包裹，最後掀開蓋子，裡面有一個錦囊，開啟錦囊，只見上面寫道“應文從鬼門出，餘從水關御溝而行，薄暮，會於神樂觀之西房”。建文帝 一看，便明白這是太祖皇帝朱元璋早就預料到自己會有今天，傳此錦囊。

小李子突然想起了什麼，轉身出去了，等了一會，小李子手裡拿著一個包裹，遞給了朱允文，並說，太祖告訴我讓我交給你。

朱允文開啟一看，裡面裝有三套袈裟，三張度牒，一把剃刀，三張度牒上分別寫著應賢、應能、應文三個名字。應文指的是建文帝朱 允文，應賢、應能分別是指建文帝的心腹近臣楊應能、葉希賢。

朱允文終於明白了，這是爺爺早就料到這一天了。爺爺告知自己剃髮為僧從密道出逃保命。按照錦囊裡的指示建文剃髮做了和尚，楊應能化名應能，葉希賢化名應賢，剃度陪伴朱允文身邊。三位開始了浪跡天涯之旅。

版本二、一種傳說是建文帝逃出宮後，輾轉去了東南亞一代。我們都知道鄭和七下西洋，可很少人知道他曾去過東洋日本，鄭和曾和日本簽訂過很有名的“永樂條約”，雙方互市，互開海禁等。但是時隔不到半年，明朝單方面撕毀條約，宣佈海禁，禁止船隻的往來。（南京失守）

原來，鄭和船隊回國後，有人說在日本的廣崎曾看到過建文帝，大太監王安告訴了明成祖朱棣。

朱棣才下令禁海防，以防朱允文乘船回來。當然這些都是傳說。