和政治信仰和組織架構有關。兩個教派確實有點相近，最大的相似之處就是真教主長期不在位，明教陽頂天死後教主缺位，日月神教東方不敗名義上是教主，但長期不管事。

但從教義看，兩個教派差別很大了。明教有明確的政治追求和信仰，明確提出要反朝廷，併成立了地方武裝，這實際上是一隻半正規化的部隊。而日月神教相比較之下就鬆散多了，教義上雖然也是和朝廷作對，但實際上就是類似於地方地主武裝，小富即安，有什麼實事好做？

再來看組織架構，明教是完全構建了自己的政體，教主下設左右光明使，隔現代就是總統下設副總統和國務卿，再往下是四大法王，相當於現代什麼首席大法官首席檢察官等等的職位，再往下五散人，相當於今天的兩院議員，再往下五行旗旗使，相當於今天的陸軍司令海軍司令了。有這麼一套完整的組織架構，即使教主不在，副手等頂上都可以保證正常運轉，照樣高舉反元大旗。反觀日月神教，教主以下也是左右使，但再往下就亂了，只有平起平坐的長老和堂主，沒有做到各司其職分工明確，這種機構實質上就是教主獨攬大權，左右使分擔事務，長老以下無實權也不分享紅利，因此這種組織基本看教主能力風格，教主能力強，組織就風頭勁，比如任我行復出奪權後那段時間，如果不是他死早了五嶽劍派一定被他滅了；而一旦教主出事或者教主很低調，比如東方掌權後基本不問江湖事，那麼組織基本也就面臨癱瘓

金庸小說中的明教好像是元朝末期明朝初期的事，小說中沒有明確的註解只是隱約推理出來的，明教源於波斯，屬於外地傳入中土的，明教用現在的話說是一個組織，不被江湖規矩所約束，我行我素，嫉惡如仇，非正非邪，所以被正派人士成為魔教。

日月神教則不然屬於明教後期，日月為明，基本已經沒有明教前身的那種教規，組織也沒有明確的管理系統，後期被正派人士成為邪教。

二者頗有淵源，但是也是也是一個從盛到衰的過程。

《倚天屠龍記》中，金庸借楊逍所著的“明教流傳中土記”，講述了明教來龍去脈。“明教源出波斯，本名摩尼教，於唐武后延載無年傳入中土，其時波斯人拂多誕持明教“三宗經”來朝，華人始習此教經典”，“至會昌三年，朝廷下令殺明教徒，明教勢力大衰。自此之後，明教便成為犯禁的秘密教會，歷朝均受官府摧殘。明教為圖生存，行事不免詭秘，終於摩尼教這個“摩”字，被人改為“魔”字，世人遂稱之為魔教。”

明教的教義是“去惡行善”，而且不同於佛教的普度眾生、不理世務，明教是真的行動派：“本教則聚集鄉民，不論是誰有甚危難困苦，諸教眾一齊出力相助。官府欺壓良民，甚麼時候能少了？甚麼地方能少了？一遇到有人被官府冤屈欺壓，本教勢必和官府相抗。” 有清晰的組織宗旨與行動綱領，才是明教有章可循、只做實事的重要根因。至於左右使者、四大法王、五行旗等等組織設定，作為一個有中樞神經的有效團體，是必須的基本輔助手段。

而《笑傲江湖》中的日月神教，書中沒有明確交代過其背景來歷，只是透過一次次衝突和所謂正道中人的口誅筆伐，描繪出他們行事的乖張暴戾、蠻不講理。等上了黑木崖，見識了楊蓮亭炮製出的“日月神教，戰無不勝，東方教主，文成武德，千秋萬載，一統江湖”，便知道這個組織渾渾噩噩，並沒有明確目標，江湖稱霸便算是最高理想了。哪怕任我行奪回教主之位，所圖的還是當個把各門各派拉到一起玩兒的大boss，完全沒有深刻的思想宗旨支撐。

這樣的組織，怎麼能與知其過往又明其將來的明教相比，又如何能與組織再大也有堅忍核心凝聚的明教宗旨相抗衡。明教務實，日月神教務虛，理所當然。