這個問題很好，也很專業，在下不在，嘗試回答一下。

中國歷史發展到明清時期，確實在商品經濟和經濟作物的種植上都有重大的發展，但與小農經濟並不矛盾。

題中提出的經濟變化都有侷限性，農產品的商品化有一個標準，並不是賣糧食就是商品化了。

賣糧食的行為可以追溯到有農業文明以後，很顯然那不是商品化。中國曆朝也都存在買賣糧食的行為，但這跟商品化沒有什麼關係。所謂的商品化指的是農產品生產的目的就是為了出售，那麼這樣的商品化就需要農業的高度發達。

這一水平是在明代達到的，標準是從“蘇湖熟天下足”到“湖廣熟天下足”。

本題就簡單說一下，“蘇湖熟天下足”的出現是因為江南的充足開發，使得江南農業高度發達。江南自唐朝以後就變成賦稅重地，特別是明朝建國對江南實行重賦，這一地區的老百姓光重地是無法生活下去的，而且人口很稠密，大家的人均土地很少，為了完成國家的賦稅，大家開始種植收益更高的經濟作物。

那麼，江南的糧食就需要從外地購買，江南實現了從糧食輸出到糧食輸入的轉變。

糧食從哪裡輸入呢？

就是明朝時期開發出來的長江中游的湖廣地區，湖廣地區農業水平的發展，為“湖廣熟天下足”提供了雄厚的基礎。相比於江南，湖廣百姓的負擔沒有那麼重，而且土地更加廣闊，因此湖廣的糧食自然就會流入江南。在此過程中，湖廣有大量的糧食變成了商品糧，這就是農產品的商品化。

我們發現了一個現象，就是經濟作物主要是在江南及南方一些地區種植，而商品糧的產區主要是在湖廣。這兩個經濟變化都有主要的區域，除了江南和湖廣外，中國其他的地方並沒有擺脫於自給自足的狀態，也就是說中國大體還是小農經濟。

自商鞅變法以後，中國古代王朝的主要經濟政策就是重農抑商，作為一個農業文明，糧食是王朝的重中之重，任何糧荒都意味著王朝危機的出現。

歷朝統治者重農毫無疑問是正確的，那麼抑商是否正確呢？

其實大部分時期也是正確的，不是說商業本身是不好的，而是很多人以經商的名義擺脫了政府的控制，或者說不去好好務農，政府稅收很長時間內都是實物稅收，百姓不種地，國家的稅收就名義保障。因此，中國政府普遍主張重農抑商。

那麼到了明清時期，特別是明末以後，中國的大片土地最終開墾出來，農業已經發展到快要飽和的狀態，這時候不為人民提供別的經濟方式就不合適了。

但是有著農桑立國的王朝傳統，統治者很難有西方資本主義那一套思路，政府的主流思想還是重農抑商，只不過抑商沒有之前沒有嚴格了而已。

農產品商品化和經濟作物的種植促進了江南絲織業和棉紡織的發展，江南出現了大量的市鎮和手工工場，但需要注意的是江南生產的產品主要供銷於國內。也就是說，在工業革命無法產生之前，中國的手工產品遠遠無法滿足於本國的國內市場，江南市鎮雖然有商品遠銷海外，但沒有海外市場，也不影響江南織造業的發展，這是中國的特殊情況（主要是因為貧富差距太大）。因此從大的方面來說，中國的經濟依然是自給自足。

因此，農產品商品化和經濟作物賺取的金錢最終並沒有以資本的方式再次投入，這些金錢最終迴歸到房地產上，那麼房子越來越豪華和土地產權歸入富豪們手中並不會與小農經濟矛盾。

關於明清經濟的問題還有很懂東西可以寫，限於篇幅，就先回答問題本身。有興趣的朋友，建議大家看一下樊樹志先生的《晚明大變局》。