簡而言之，病死的。據清史史書記載光緒又患上了腎功能衰竭、神經官能症和肺結核、肝炎等慢性疾病，所以光緒帝一直都臥病在床，特別是1908年已經病入膏肓，太醫已經回天乏術，所以慈禧太后萬般無奈的情況下選擇了和光緒帝關係最近的侄子--溥儀繼承皇位。

因為近代慈禧太后胡作非為，名聲太臭，再加上慈禧太后和光緒皇帝在兩天內相繼去世，很多人認為光緒是被慈禧毒死的。又有醫學證明光緒頭髮裡砷過量，似乎慈禧之罪無可辯駁，但事實如此嗎？

首先，我們要明白每個人身上都有或多或少的砷，砷是由腎排出的，光緒帝腎衰竭多年，造成了累積，砷嚴重超標。清宮的醫學記錄表明，光緒帝已經患上腎衰竭的病，再加上其他病，光緒帝此時已經是病入膏肓，太醫們已經是無力迴天，病死是必然的。

其次，我們分析下，慈禧根本沒有殺掉光緒帝的必要。慈禧太后一介女流，能執掌晚清六十年的朝政，鬥掉了實權派人物肅順、恭親王奕訢等，制服了大功臣曾國藩李鴻章左宗棠等人，除了手段高超外，還因為她善於分權制衡。等她快死的時候，朝中已經形成了龐大的“後黨”，任何人都不敢對她的權力稍加染指。即使慈禧死後光緒活很久，他能制服後黨的大臣官員嗎？這些包括但不限於李鴻章、張之洞、袁世凱、醇親王(也是光緒生父)。所以，慈禧太后根本沒有殺掉光緒帝的必要！

再者，光緒帝是慈禧太后的親外甥，光緒帝的生母是慈禧太后的親妹妹。慈禧一生冷血無情，除了自己死去的兒子同治皇帝以外，和她最親的就是這個親妹妹光緒帝的生母了。從人倫親情來說，慈禧也不能殺掉自己親妹妹的兒子！

對於光緒帝的死因，歷史上有不同的說法；畢竟年代久遠，很多事情已經無從考證；無論如何，這個被慈禧控制的皇帝的死因眾說紛紜。接下來，就從光緒帝和慈禧的家事說起吧。慈禧是咸豐帝的妃子，生下的孩子是同治帝，咸豐帝1861年突然去世的時候，同治帝只有5歲，慈禧剛剛20多歲，與肅順等顧命八大臣共同輔政，後來慈禧誅殺八大臣，奪權。1875年，慈禧兒子同治帝19歲早逝，慈禧悲痛欲絕。同年立同治帝的弟弟光緒帝做皇帝，光緒帝是同治帝堂弟兼表弟，光緒帝的父親是咸豐帝的親弟弟，光緒帝的母親說慈禧的親妹妹，光緒帝並不是慈禧的兒子。慈禧對待光緒帝也沒有像對待同治帝那樣好。戊戌變法失敗後，因為政見不合，慈禧就把光緒帝囚禁起來了瀛臺。1908年11月14日，38歲的光緒皇帝在瀛臺去世，尚在壯年。15日，74歲高齡的慈禧太后病逝。

一種說法是因政見不合，慈禧死前怕光緒帝報復，這種說法可以說是錯誤的，因為光緒帝是慈禧的親妹妹的孩子，從情理上說不太可能。第二種說法說是袁世凱害死了光緒帝，這種說法也經不起推敲的，一個權臣怎敢動皇帝？第三種說法是慈禧派李蓮毒死了光緒帝，這種說法也是錯誤的，李蓮英看著光緒帝長大，怎會忍心？那麼接下來還有一個最有力的證據足以否定以上傳聞: 慈禧臨死之前，選定溥儀為皇帝，溥儀的父親載灃是光緒帝的親弟弟，如果以上三種說法成立，他們不怕載灃替其哥哥報仇嗎？事實上此次死後，載灃還為慈禧舉行了厚葬，足以否定以上三種傳言。

從情感上講，光緒帝不喜歡慈禧選定的皇后裕隆，而專注於珍妃，裕隆皇后是慈禧的親侄女，珍妃支援光緒帝變法與慈禧作對，情敵加政敵，珍妃被慈禧下令投入井中淹死。經過戊戌變法和珍妃事件，光緒帝身心受到嚴重打擊。據清朝史書記載，1908年光緒帝病入膏肓，暴斃而亡。

無論怎樣，光緒帝是一個悲情皇帝，願悲劇不再重演。