這個是清朝的迷案之一，真實原因已經無從考證，因為清朝立國之出漢民族對滿清的敵意，又有太后下嫁等民間傳言，因而推斷因為孝莊自感無顏與皇太極合葬。但是滿清的風俗與漢族不同，對朱熹理教並不是特別看重，而孝莊也是輔佐了三朝的極為聰慧豁達的女性，個人推斷民間傳言不實，大抵是因為皇太極逝世已久，孝莊不想再動皇陵，而更想守護著子孫守望著大清的基業，於她而言，小家小情，世俗流言都已不為她看重，盛世太平或許才是她的追求

孝莊在歷史上的評價很高。她一生輔佐了順治和康熙兩位皇帝，但是沒有一個人說她專權誤國，反而對她都十分敬重，因為她懂得在什麼時候時候該管，什麼時候不該管，這跟慈禧太后是很不一樣的。

據史書記載，孝莊是個很有智慧、品德和才能的人，特別是在她輔佐康熙的時候，展現出了極高的人格魅力，每每在康熙陷入困境的時候挺身而出，一次次化解危機。兩人從而建立了非常深厚的感情。

康熙26年12月25日，孝莊去世，她死前給康熙留下遺照說：

為了我身後之事，我要特意囑咐你，我的老公皇太極死了很久了，葬在盛京，現在不適合輕易動他的墳墓；如果在他旁邊另外再建一座墳墓，我又怕太勞民傷財。所以我就不和他葬在一起了。其實我一心念著你你父親福臨和你，不忍心離你們太遠，所以我死後你就把我葬在河北遵化的皇家園陵吧，這樣我就沒什麼遺憾了。

康熙皇帝雖然很想遵循孝莊的遺願，但是他也很為難，因為早就有流言說孝莊跟多爾袞有扯不清的關係，如果真的不讓孝莊和皇太極合葬，那這件事情就會遭到天下臣民更多的非議，實在是不利於孝莊的名聲。

康熙很久都拿不定主意，就決定先把孝莊生前居住的慈寧宮的東面五間房拆除，運到河北遵化的昌瑞山下建造一處行宮，取名“暫安奉殿”，用來暫時停放孝莊的屍體，等到最終決定了孝莊埋葬的地點，再舉行葬禮。

孝莊的屍體這一放就是三十七年，還是雍正皇帝最後拿定主意將她安葬了。

雍正的決定是，在“暫安奉殿”的原址上建造一處陵墓，用於安葬孝莊，取名昭西陵。雍正之所以這麼做，是因為有人向他進言說昭西陵位置在皇太極昭陵的西方，按照陰陽八卦的說法，兩座陵墓可合二為一，也可一分為二；而昭西陵的位置剛好在清東陵大紅門的東外側，被一道風水牆阻隔開，不在清東陵的範圍之內，但又可以跟清東陵遙望。這樣既可以讓別人對孝莊和皇太極不合葬沒有異議，又滿足了她希望離自己的兒子和孫兒近的問題。

孝莊下葬的這一年，剛好是她和皇太極結婚的100週年。

兩個人不葬在一起，而是在一張所謂的八卦圖中相望，實在是佩服古人的“智慧”。雖然當時雍正把這件事圓過去了，但是後世對於孝莊為何不與皇太極合葬感到十分懷疑，懷疑的原因無非還是她與多爾袞說不清道不明的關係。但是不管怎麼說，這些都是些宮廷秘史，不用過多解讀，也不影響孝莊這個人的總體評價；更何況，即使這事兒是真的，那也是捨身取義的行為，不足為恥。

愛新覺羅.皇太極，生於1592年，卒於1643年，按三元九運屬下元七運，當時皇陵立向為旺山旺向，主丁財兩旺，故葬了皇太極以後，清朝逐步強大，經崇德、順治、康熙、雍正、乾隆、嘉慶.....

孝莊皇后於皇太極死後近三十年方過世，按元運進入了下元九運，立皇太極當時那個坐向到九運為衰，如果開陵合葬則變為上山下水損財傷丁，不開陵合葬還是按原來旺向計算，為了大清皇朝萬年大計，故沒有開陵合葬。

還有一個原因就是孝莊皇后非常疼愛她的孫子順治，這就是現代所說的隔代親，但順治比較短命，二十多歲因病早卒，所以孝莊皇后臨終吩咐要與孫子合葬，死了也要庇佑她的孫子。

所以孝莊皇后始終沒有與皇太極合葬。