羊肚菌栽培中常會出現一些汙染和病害, 這些病害會嚴重影響羊肚菌的產量。常見的汙染有黴菌汙染、細菌和酵母菌汙染, 大型真菌汙染以及動物蟲害。

木黴汙染是常見的黴菌汙染, 被汙染後培養料中出現綠色的緻密棉團狀菌落, 感染木黴的培養料應及時燒燬, 控制空氣溼度, 注意通風。感染木黴的原因是菇房、耳床消毒不徹底, 接種室滅菌不嚴格, 高溫高溼且培養料偏酸。

麴黴是栽培中的常見雜菌, 被汙染後培養料中出現黃色、黑色、灰綠色等不同顏色的菌落, 感染麴黴的培養料應及時燒燬, 加強通風, 減少噴水, 可以對汙染區撒石灰處理, 感染的原因是菇房、耳床消毒不徹底, 接種室滅菌不嚴格, 通風不良也是主要原因。

青黴是常見的雜菌, 被汙染後培養料出現綠色黴斑, 栽培前菇房嚴格消毒, 局部發菌可用5%~10%石灰水沖洗, 高溫、高溼、酸性環境利於病菌浸染。

根黴是一種形似毛黴的雜菌, 被汙染時培養料中出現灰白色或灰褐色顏色的菌落, 處理方法可以用多菌靈等殺滅或抑制, 其發生的原因是菇房溼度大且通風不良。

毛黴也是常見的雜菌, 被毛黴汙染後培養料中出現淡灰色顏色的菌落。毛黴汙染後及時檢查出, 迅速燒燬, 防止孢子擴散, 然後用0.1%多菌靈噴霧處理, 感染的原因是通風不良, 栽培地不清潔不幹燥。

酵母菌和細菌汙染常見於母種, 培養基表面呈膜狀或粘液狀, 培養料被汙染時發粘發酸, 可以用1∶600次氯酸鈉溶液處理汙染區, 汙染的原因是栽培地不清潔, 有物品腐爛且培養地高溫高溼。

鏈孢黴是一種危險的雜菌, 培養料被汙染後出現橘紅色顏色的菌落, 該菌繁殖力極強, 感染後迅速燒燬, 區域性汙染可噴灑1∶800多菌靈處理, 該菌春季發生少, 夏秋高溫高溼易發生, 可藉助空氣傳播。

鬼傘是一種在菇房中常見的大型真菌, 菌絲白色的一種競爭性雜菌, 稱為“野蘑菇”, 鬼傘出現後應及時採摘, 同時降低菇房溫度, 鬼傘的汙染源於菇房、耳床消毒不徹底, 接種室滅菌不嚴格。

蛞蝓是一種常見的農業害蟲, 它將子實體咬洞, 影響其商品價值, 可以配置毒餌處理蛞蝓, 傍晚施撒, 或直在撒鹽，使蛞蝓脫水而死。嚴重的直接用殺蟲藥劑防治, 出現的原因是栽培地不清潔。

蛆的汙染能造成菌絲細小微弱, 且危害子實體, 造成畸形, 蛆汙染時及時清除廢料, 在栽培地實施常用滅蠅措施, 蛆的汙染原因是場地不通風, 高溫高溼。

羊肚菌下種後一般要定期噴水，保持空氣和土壤溼潤，可以在水中加入益富源菌菇生態寶，補充土壤益生菌，抑制病菌雜菌，減少疾病發生。

土壤要求肥沃、透氣性好並且易於保溼。在種植過程中要保證空氣的新鮮度，但要注意二氧化碳過多會出現羊肚菌畸形以及腐爛的情況產生。合理的通風是保證羊肚菌出菇的前提，適宜的溼度對羊肚菌也很重要