經食物傳播而引起人或動物疾病的食品微生物。可來自土壤、空氣、水以及人和動植物體。當食品原料中含有這類微生物，或食品在加工、儲藏、銷售過程中被這類微生物汙染後，人誤食時均可引起不同程度的食物中毒,其症狀大多表現為腹痛、噁心、嘔吐、腹瀉等,潛伏期在 1小時以內到48小時以上不等。患者對他人無直接傳染性。引起食物中毒的微生物主要有細菌、真菌、病毒等，以細菌性食物中毒最為常見。細菌引起食物中毒的細菌主要有7種,其潛伏期和病程也有所不同（見表）。7種細菌引起的食物中毒的範圍、程度與地域及該地域的生活習慣有很大的關係。表中前 3類細菌在很多國家都很常見。西歐、北美等國是以食用動物蛋白為主的國家，因此，由肉毒桿菌產生的毒素而造成食物中毒情況較為多見。在日本，由副溶血性弧菌引起的食物中毒的情況較為多見。

食品中常見的微生物有以下幾個：

大腸菌群：大腸菌群是國內外通用的食品汙染常用指示菌之一。食品中檢出大腸菌群，提示有被致病菌（如沙門氏菌、致病性大腸埃希氏菌）汙染的可能性。大腸菌群超標有可能會導致腸道外感染、急性腹瀉等。

黴菌：黴菌可引起食物黴變，還會刺激人體消化道、胃部等，嚴重的還可損傷肝臟，造成食物中毒。

沙門氏菌：沙門氏菌感染最常見的症狀是胃腸炎，如嘔吐、腹瀉、腹痛，常見潛伏期為12-36小時，病程一般2-3天，重者可引起脫水、休克，部分患者可發展為敗血症。

金黃色葡萄球菌：攝入含有金黃色葡萄球菌腸毒素的食物後30分鐘至8小時內，會出現噁心、劇烈嘔吐、腹痛、腹瀉等急性胃腸炎症狀。