能進凌煙閣的秦瓊肯定是受到重用的。在統一天下的過程中，每每遇到敵方有兇狠的武將耀武揚威，李世民經常會指派秦瓊去擊殺之。玄武門之變時，秦瓊沒有直接參加戰鬥，卻是就在秦王府負責保護李世民家小的。不是心腹之人，怎麼會託付如此重任？！

李世民是很重用秦瓊的。小說演義中的秦瓊以仗義疏財，義薄雲天著稱，而歷史中的秦瓊卻以作戰勇猛，武藝高強得到李世民的青睞。

在歸降李世民之前，秦瓊先後跟隨過隋將來呼兒、張須陀，瓦崗山李密。當時就很有威名，隋將來呼兒評價秦瓊說：

“此人勇悍，加有志節，必當自取富貴，豈得以卑賤處之？”

意思是秦瓊這人打仗“勇悍”，為人又正直，以後必定大富大貴，不能輕視他。

後來李密敗於王世充，秦瓊被俘。王世充也知道秦瓊是員勇將，就任命秦瓊為將官。但秦瓊很看不起王世充的為人，趁王世充和唐軍作戰的時候，與程咬金等人一起投降了唐軍，被李淵安排到秦王府任職。

李世民對秦瓊非常禮遇，任命他為馬軍總管，在自己身邊聽命。在李世民討伐宋金剛的戰爭中，秦瓊屢戰屢勝，立功最多。李淵賜秦瓊金瓶，李世民拜秦瓊為秦王府右三統軍，賞賜黃金百斤、雜彩六千段，加封上柱國。並對秦瓊說：

“卿不顧妻子，遠來投我，又立功效。朕肉可為卿用者，當割以賜卿，況子女玉帛乎？卿當勉之。”

李世民訓練了一支千人的精銳騎兵，戰力強悍，可以一當十，這就是著名的“玄甲軍”。李世民讓秦瓊帶領其中的一部，每次出征都以其做先鋒，攻出不克。尤其在平定王世充、竇建德的大戰中，秦瓊又屢立戰功。被李世民封為翼國公，賞賜黃金百斤、帛七千段。

在《舊唐書》中記有一段逸事，李世民最看不慣敵方將領“嘚瑟”，每次遇到敵方將領陣前耀武揚威，李世民就對秦瓊說：“滅了他”，秦瓊立刻挺槍躍馬衝入敵陣，刺敵將於萬馬軍中。

李世民繼位後，拜秦瓊為左武衛大將軍，食實封七百戶。但剛者易折，在多年的戰爭中，秦瓊嚴重透支了自己的身體。終於傷病纏身，無力再統兵征戰，用秦瓊自己的話說：

“吾少長戎馬，所經二百餘陣，屢中重瘡。計吾前後出血亦數斛矣，安得不病乎？”

貞觀十二年（638年），秦瓊病逝。被追贈為徐州都督，改封胡國公，諡曰“壯”，陪葬昭陵。貞觀十七年，被列入凌煙閣二十四功臣。

秦瓊不是統百萬兵，開疆拓土的帥才。屬於萬馬軍中，斬將殺敵的大將，而這一才能是得到李世民充分認可的。可惜因為玄武門與傷病等原因，秦瓊未能再進一步，止步於二十四功臣末席。

李世民起兵時才十八、九歲，年輕氣盛，最瞧不得敵人在自己面前耀武揚威。要是打仗時在兩軍陣前看到對面敵人有囂張的，就回頭給身邊的秦瓊說：“去滅了他。”於是秦瓊縱馬持槍而出，獨闖敵陣，在萬軍之中把那個囂張的傢伙給滅掉。 秦瓊用的槍和一般人不一樣，比一般人的要粗要大要重很多，跟隨李世民打王世充的時候，秦瓊在洛陽城下耀武揚威（對，李世民就喜歡自己人耀武揚威，見不得敵人囂張），把自己的槍插到地上，然後回去了。王世充派手下人出去拔槍，十幾個人一起拔沒有拔出來。然後過了一陣秦瓊回來了，一把手拔了出來。

到後來這支槍成了國家禮器，每次朝廷舉行重大典禮的時候，都把它陳列出來。 秦瓊的馬叫忽雷駁（《說唐》、《隋唐演義》等小說中所謂“呼雷豹”即從此而來），但這個忽雷駁脖子上沒肉瘤，也不能一叫就讓別的馬趴下，但這匹馬特別神駿，三匹黑氈豎起來，這馬能一躍而過，而且特別愛喝酒。忽雷駁跟隨秦瓊征戰一生，秦瓊死後，這匹馬不吃不喝，嘶鳴而死。

1、叔寶每從太宗征伐，敵中有驍將銳卒，炫耀人馬，出入來去者，太宗頗怒之，輒命叔寶往取。叔寶應命，躍馬負槍而進，必刺之萬眾之中，人馬辟易。——《舊唐書·秦瓊傳》

2、秦武衛勇力絕人，其所將槍踰越常制。初從太宗圍王充於洛陽，馳馬頓之城下而去，城中數十人，共拔不能動，叔寶復馳馬舉之以還。迄今國家每大陳設，必列於殿庭，以旌異之。——劉餗《隋唐嘉話》

3、秦叔寶所乘馬，號忽雷駁，常飲以酒。每於月明中試，能豎越三領黑氈。及胡公卒，嘶鳴不食而死。——段成式《酉陽雜俎》