電子商業匯票系統由一個核心功能模組即電子商業匯票業務處理，兩個輔助功能模組紙質商業匯票登記查詢系統和商業匯票轉貼現公開報價組成。

電子商業匯票業務處理功能模組是電子商業匯票系統的核心模組，透過該模組可為各行客戶簽發的電子商業匯票實行集中登記儲存，並提供互聯互通的流通轉讓平臺，實現電子商業匯票出票、承兌、背書、保證、提示付款、追索等業務流程的電子化。同時，與銀行、財務公司行內系統及人民銀行的現代化支付系統連線，可實現電子商業匯票貼現、轉貼現、再貼現等融資交易和提示付款的即時轉賬結算，同步完成票據融資交易的交割，實現票款對付(DVP)。

紙質商業匯票登記查詢功能模組是系統參與者必須參加的模組，它能夠為紙質商業匯票承兌、貼現、轉貼現、再貼現、質押、質押解除、掛失止付等票據行為提供登記查詢服務，實現紙質商業匯票票面資訊的集中登記儲存，便利紙質商業匯票的貼現、質押業務查詢。

商業匯票轉貼現公開報價模組能夠實現電子商業匯票和紙質商業匯票轉貼現公開報價，為銀行、財務公司進行詢價交易提供資訊。目前商業匯票轉貼現公開報價模組暫不開通。

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