1、開始：第383話 爆發!仙人模式彌彥用神羅天徵將木葉夷為平地，就在這個時候，鳴人回來了。看到眼前的景象，鳴人完全不相信這就是曾經的木葉村。火影用盡查克拉保護了村子的人，可是自己卻一點戰鬥力都沒有了，即使是這樣，她還是決定站在戰場上，賭上火影的名義同佩因一戰。鳴人看到佩因動手攻擊綱手，果斷出擊，僅僅一拳就打倒了一個佩因，鳴人和佩因的戰鬥終於開始了。2、結束：第389話 兩個弟子雛田在小櫻的治療下總算是醒了，與此同時，最後一個佩因也被鳴人打倒了。鳴人利用佩因身上的查克拉接收器找到了長門，自來也的兩個弟子終於見面了。在見到長門的那一刻，鳴人始終無法原諒長門對自己村子犯下的罪過，另外，他想知道同為自來也的徒弟，長門為何會殘忍的殺害木葉的人們，究竟是怎樣的過去使長門扭曲了自來也的信仰。擴充套件資料一切的開始第393話 佩恩誕生歷盡艱辛長門、小南和彌彥終於和自來也相遇了，自來也決定留下來照顧他們，於是四人生活就這樣開始了。直到有一天，長門為了保護彌彥用輪迴眼殺死了一名忍者，自此，自來也開始傳授給彌彥、小南和長門忍術。三年後，自來也將和平的信念託付給了長門後離開了。於是他們以彌彥為首領開始行動，不依賴權利和武力去創造和平的想法很快得到了大家的支援，但是雨隱的首領卻利用卑鄙的手段殺害了彌彥。鳴人打敗六道佩恩操縱者——長門（說服長門）第394話 漩渦鳴人物語彌彥死後，長門代替彌彥成為了組織的首領，為了他們的目標，組織的成員接二連三的死去了，長門認為只要人存在，憎恨是不會消除的，自來也的想法根本就不切實際。在聽完長門的故事，鳴人表示雖然理解長門的行為可還是無法原諒他的罪過。不過，自己是自來也的徒弟，自來也將希望寄託於他的身上，他就要相信自來也所相信的東西。得知站在他面前的人名叫鳴人，看到鳴人的決心，長門做了一個令人震驚的決定。

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火影忍者鳴人打佩恩是第383集到第389集。在佩恩襲擊木葉村時，眾忍者們紛紛出手，與佩恩展開大戰，但都戰敗了，後來鳴人以一己之力對抗佩恩六道，毀了天道並將佩恩打敗。

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鳴人打倒最後一個佩恩是第513集。佩因是多名忍者的組合，他們各自有擅長的忍術，佩因的控制人是長門，長門為了報復這個不公平的忍者世界，他準備摧毀木葉村，鳴人為了阻止他的計劃，他來到了蛤蟆森林學習仙術。鳴人回到村子後，佩因已經把村子毀了。