回答這個問題需要理清兩點即可:

1、一個政權滅亡的標誌是以什麼為標準，這一點可由標誌性事件決定，不過史學家各人看法不盡相同。也可以以繼任朝代開國號為準，私以為這點就避免了更多爭議性。

元，清，包括本朝開國1949亦同理（臺灣是中國一部分，不可改變。但目前也需要認識到他們目前還使用民國紀年的）

畢竟這一段改朝換代的過渡期，有可能很長，也可能很短。

故而認可1644的較多了

2、官史一向是本朝為前代修史的，朝換代應當自覺，是一個約定俗成的規矩。這也從另一面證明中華民族重史的特點，在世界那麼多民族國家中獨樹一幟。

關於這個還有一個小故事，少數民族入主中原後也入鄉隨俗了。

元朝認為，宋遼金皆為正統。

宋遼金的正統問題在元代一直是一個爭論不休的問題，直到元順帝至正三年三月（1343年），在右丞相脫脫、平章也先帖木兒、鐵睦爾達世、右丞太平等人的奏請下，詔修遼、金、宋三史。

由遼、金、宋三史都Quattroporte官脫脫裁定三史各為正統、從而徹底解決正統、義例問題的前提下，《宋史》、《遼史》、《金史》得以修撰完成。

一方面以前朝的滅亡為鑑，另一方面是為了證明自己的正統性。

從一點看，元修宋史，不管是證明其快速解決前朝問題的摧枯拉朽，仰或今人客觀主觀上認定南宋滅於1279崖山海戰較多。

史學界其實並不是這麼機械。

涉及重要的改朝換代階段時，現當代史書敘述中往往會有兼顧：一方面，出於敘事的方便，也便於讀者閱讀時的便利，會有一個大致的年代斷限，另一方面，書中會特意安排一些篇幅，把前一個朝代的最後抗爭過程予以敘述。

例如，傅衣凌主編、楊國楨陳支平負責撰寫的《明史》就是這樣進行處理的。在該書最後，用了獨立的兩章，前一章寫明朝北京政權的覆滅過程，後一章則專門寫南明的繼續抗爭（甚至一直寫到臺灣鄭氏政權失敗為止），使用的篇幅不小，而且，這一章提到李定國等人抗清之舉的時候，不吝筆墨，進行了熱情稱讚。

總的說來，現當代史學論著中對於改朝換代的年代斷限，更多是出於敘事的清晰便利，並不一定代表作者有什麼“正統論”的考慮。

要說明這個問題，我們首先需要了解，南宋和南明有什麼區別。

公元1127年，金軍攻破北宋度成本汴梁，將宋徽宗，宋欽宗二位皇帝俘虜並押往北方。此時，宋朝的皇位第一順問繼承人，只有外出募兵勤王而僥倖逃過一劫的康王趙構。因此，南宋政權，只有一個合法的統治者；換言之，南宋是一個擁有穩定合法統治者的偏安（割據）政權。

從統治者而言，其更替完全和正常的古代王朝一樣，父死子繼；從統治區域而言，雖然在一百餘年裡不斷變化，但整體穩定在淮河以南的區域，版圖沒有大範圍變動；從國家機構而言，和北宋無二，擁有對所統治地區的絕對管轄權。

因此，南宋，是一個穩定的封建政權。

在李自成攻破北京後，明朝宗室在南方相繼（有的是同時）建立起了政權，分別有弘光政權、魯王監國、隆武政權、紹武政權、永曆政權。其中魯王政權和隆武政權還為爭奪正統而相互攻伐。

所以說，南明是個泛稱，其並不是一個整體，而是諸多明朝宗室抵抗政權的總稱，因此，它並不是明王朝的延續，而是苟延殘喘而已。

回到問題，為什麼明朝滅亡從1644年算起，因為明朝所謂的繼承者南明，並不是穩定的政權，而是相對於清朝而言的明朝殘餘勢力而已，故而並不算在明朝歷史內；同時，繼承皇位者也並不是最理想，最優的繼承人選擇，所以並不能顯示政權的合法性。

而宋朝，首先因為抵抗的時間較短，只有三年，將其算入宋朝的歷史，並無太大影響。第二點，也是關鍵的一點，在少帝被俘虜後，文天祥等人所立的皇帝均是合法的皇位順位繼承人，能夠代表政權的合法性，所以，將宋的滅亡算在崖山之戰宋軍全軍覆沒後。