腸的組織結構學特點為小腸的吸收創造了良好的條件，小腸的生理功能表現毛小腸的運動、分泌、消化及吸收等方面，並且與藥物代謝密切相關。如小腸平滑肌的各種形式的運動可以完成對食糜的研磨、混合、攪拌等機械消化，小腸腺分泌的小腸液與小腸內膽汁、胰液一起完成食糜的化學消化，小腸粘膜分泌內分散存在有許多內分泌細胞，可分泌多種消化道激素，如促胰液素、膽囊收縮素、抑胃肽和胃動素等，它們對胃腸運動和分泌有重要的調節作用。

小腸的組織結構學特點為小腸的吸收創造了良好的條件，小腸的生理功能表現毛小腸的運動、分泌、消化及吸收等方面，並且與藥物代謝密切相關。如小腸平滑肌的各種形式的運動可以完成對食糜的研磨、混合、攪拌等機械消化，小腸腺分泌的小腸液與小腸內膽汁、胰液一起完成食糜的化學消化，小腸粘膜分泌內分散存在有許多內分泌細胞，可分泌多種消化道激素，如促胰液素、膽囊收縮素、抑胃肽和胃動素等，它們對胃腸運動和分泌有重要的調節作用。

食糜由胃進入小腸，開始小腸的消化，由於胰液、小腸液及膽汁的化學性消化作用以及小腸運動的機械性消化作用，食物的消化過程在小腸內基本完成，經過消化的營養物質也大部分在小腸被吸收，因此小腸是消化吸收的最重要部位。

小腸是人體重要的營養物質消化和吸收的器官，也是消化道中最長的一段，大部分成年人的小腸全長在5-7米；小腸的腸道里面還存在著大量的皺褶和絨毛，這就大大增加了腸道的表面積，這都是為了有利於營養物質的消化和吸收。

人們還把小腸劃分為三段，即十二指腸、空腸和迴腸。十二指腸的長度只有25-30釐米，中間還有總膽管和胰腺的共同開口，膽汁和胰腺就是由這個開口流入小腸，參與食物的消化；空腸的內徑增大，管壁增厚，內含豐富的血管，有利於營養的吸收；迴腸上接空腸，下接結腸，也是營養吸收的重要部分。

各部分小腸腸壁的結構都是類似的，分為粘膜層、黏膜下層和肌肉層，內含大量的血管、淋巴管和神經。小腸在小腸神經叢的作用下不停的蠕動，將食糜與各種消化液充分混合，並不停地將食物推動下行，食糜在整個腸道的停留時間約為3-8個小時，這都有利於食物被腸道充分消化和吸收。

腸道本身也存在著大量的腺體用來分泌腸液，它與膽汁、胰液共同構成了腸道消化液的組成部分。這些消化液中都含有大量的消化酶，分別負責蛋白質、糖分和脂肪類的消化。蛋白質、糖分和脂肪必須透過消化液的分解，成為結構簡單的小分子物質才能被腸道吸收入血或者淋巴。

我們吃進去的大分子營養物質並不會被人體直接利用，只有透過腸道的分解和其他器官的合成轉化才能真正成為我們身體的一部分。食物在腸道里完成了全部的消化過程和大部分的吸收過程，這就是小腸的基本作用。

《黃帝內經.素問》：小腸者，受盛之官，化物出焉，小腸分三段，十二指腸、空腸、迴腸，十二指腸的起端連胃，迴腸末端連盲腸，空腸位在中間。在十二指腸有膽管出口，當食入脂肪，膽囊收縮將儲存的來自肝細胞分泌的膽汁從這個出口泌出，促進脂肪消化，也促進脂溶性維生素A、維生素D、維生素K的吸收。胰腺分泌的各種酶、酶原、胰島素也透過胰腺管從這個出口排入十二指腸，消化吸收蛋白質、脂肪和糖。

小腸的作用就是進一步消化吸收來自胃初步消化過的食物。中醫根據當時中央制度類比取象，封小腸為“受盛之官”，“化物出焉”，即司化物之職。除了消化吸收，還有將吸收所剩的糟粕排入大腸以排出體外的功能，此即"泌別清濁”。小腸吹收的水份從膀胱排出，此謂“下達膀胱”。"泌別其清濁宣通”為小腸的功能。

從消化、吸收、傳化的功能看小腸，中西醫大致相同。但從類比取象的角度，小腸與心（君主之官）相表裡，關係密切。心是皇上，小腸相當宰相，在這裡小腸除了消化吸收物質營養，還將吸收的所有精神資訊進行“泌別清濁”，將對心有用的資訊傳交給心，再由心定奪並擬出"詔書"透過三焦（決瀆之官）從水路傳送全身各官。這就“主明則下安”，“主不明十二官危”的道理。

從病理角度，小腸功能失常會引起的常見疾病為小腸氣（疝氣），腸梗阻，十二指腸潰瘍以及引起的腸出血，腸穿孔等。小便異常，中醫也歸小腸病，如尿頻尿急尿痛屬小腸火，(這在西醫是泌尿系感染)，小腸火則是心火下移所致。