組學omics,研究的是整體. 按照分析目標不同主要分為基因組學,轉錄組學,蛋白質組學,代謝組學。
基因組學研究的主要是基因組DNA,使用方法目前以二代測序為主,將基因組拆成小片段後再用生物資訊學演算法進行迭代組裝。當然這僅僅是第一步,隨後還有繁瑣的基因註釋等資料分析工作。
轉錄組學研究的是某個時間點的mRNA總和,可以用晶片,也可以用測序。晶片是用已知的基因探針,測序則有可能發現新的mRNA,
蛋白組學針對的是全體蛋白,組要以2D-Gel和質譜為主,分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似,將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段,在透過質量反推蛋白序列,最後進行搜尋,標識已知未知的蛋白序列。
代謝組分析的代謝產物,是大分子和小分子的混合物,主要也是用液相和質譜。
總而言之,這些技術都想從全域性找變數,都是一種top-down的研究方法,原因很簡單:避免‘只緣身在此山中’的尷尬。
但因為技術侷限,都各有缺點,尤其是轉錄組和蛋白組資料,基本上顛覆了以前一直認為的mRNA水平能代表蛋白水平的觀念,因為這兩組資料的重合度太低。
所以目前很多研究都開始使用交叉驗證方法。
無論如何,都需要對資料進行分析,有經驗的分析往往能化腐朽為神奇。
組學omics,研究的是整體. 按照分析目標不同主要分為基因組學,轉錄組學,蛋白質組學,代謝組學。
基因組學研究的主要是基因組DNA,使用方法目前以二代測序為主,將基因組拆成小片段後再用生物資訊學演算法進行迭代組裝。當然這僅僅是第一步,隨後還有繁瑣的基因註釋等資料分析工作。
轉錄組學研究的是某個時間點的mRNA總和,可以用晶片,也可以用測序。晶片是用已知的基因探針,測序則有可能發現新的mRNA,
蛋白組學針對的是全體蛋白,組要以2D-Gel和質譜為主,分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似,將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段,在透過質量反推蛋白序列,最後進行搜尋,標識已知未知的蛋白序列。
代謝組分析的代謝產物,是大分子和小分子的混合物,主要也是用液相和質譜。
總而言之,這些技術都想從全域性找變數,都是一種top-down的研究方法,原因很簡單:避免‘只緣身在此山中’的尷尬。
但因為技術侷限,都各有缺點,尤其是轉錄組和蛋白組資料,基本上顛覆了以前一直認為的mRNA水平能代表蛋白水平的觀念,因為這兩組資料的重合度太低。
所以目前很多研究都開始使用交叉驗證方法。
無論如何,都需要對資料進行分析,有經驗的分析往往能化腐朽為神奇。