一、FAT檔案系統：
1、FAT16格式
其中FAT16是自DOS、Windows 3.x以來廣泛使用的硬碟分割槽格式，是傳統的16位檔案系統。它有極好的相容性，DOS、Windows 、Windows NT的各種版本，以及其他各類作業系統都支援FAT16。它相對速度快， CPU資源耗用少，所以至今仍是各類機器硬碟常用的分割槽格式。但是傳統FAT16的不支援長檔名，受到8＋3，即8個字元的檔名加3個字元副檔名的限制。單個分割槽的最大尺寸為2GB，單個硬碟的最大容量一般不能超過8GB，所以如果硬碟容量超過8GB，8GB以上空間則因無法利用而浪費。
2、FAT32格式
而FAT32是Windows 95 OSR2版開始推出相容16位的32位檔案系統。最大特點為使用較小的簇（每簇僅為4KB）分配檔案單元，大大提高硬碟空間利用率，減少了浪費。單個硬碟的最大容量達到2TB（1TB=1024GB），為海量硬碟的使用者提供了方便。它支援長檔名，能很好執行 DOS、Windows 95－2000的各種版本，但系統開銷要大於FAT16。這種檔案系統的安全性仍然較差。目前，支援這一磁碟分割槽格式的作業系統有Win 97、Win 98和Win 2000/XP。但是，這種分割槽格式也有它的缺點，首先是採用FAT32格式分割槽的磁碟，由於檔案分配表的擴大，執行速度比採用FAT16格式分割槽的硬碟要慢；另外，由於DOS系統和某些早期的應用軟體不支援這種分割槽格式，所以採用這種分割槽格式後，就無法再使用老的DOS作業系統和某些舊的應用軟體了。
二、NTFS檔案系統：
NTFS具有FAT的所有基本功能，並提供了優於FAT和FAT 32檔案系統的特點：更好的檔案安全性和更大的磁碟壓縮。 支援大磁碟，最大可達2tb（NTFS的最大驅動器容量遠遠大於FAT的最大驅動器容量，並且隨著驅動器容量的增加，NTFS的效能並不下降，這與FAT有很大不同）。 可以在安裝過程中，將現有的分割槽轉換為NTFS。也可以在安裝後的任何時候，透過在命令提示符下使用convert.exe程式，將檔案系統從FAT轉換為NTFS。但是隻有Windows NT/2000/XP才能識別NTFS系統，Windows 9x/Me以及DOS等作業系統都不能支援、識別NTFS格式的磁碟。由於DOS系統不支援NTFS系統，所以最好不要將C：盤製作為NTFS系統，這樣在系統崩潰後便於在DOS系統下修復。但是NTFS檔案系統存在一個明顯的不足，就是如果使用NTFS格式化分割槽，那麼只有Windows 2000可以訪問在該分割槽上建立的檔案，其他作業系統不能使用Windows 2000 NTFS分割槽。
一、FAT檔案系統：
1、FAT16格式
其中FAT16是自DOS、Windows 3.x以來廣泛使用的硬碟分割槽格式，是傳統的16位檔案系統。它有極好的相容性，DOS、Windows 、Windows NT的各種版本，以及其他各類作業系統都支援FAT16。它相對速度快， CPU資源耗用少，所以至今仍是各類機器硬碟常用的分割槽格式。但是傳統FAT16的不支援長檔名，受到8＋3，即8個字元的檔名加3個字元副檔名的限制。單個分割槽的最大尺寸為2GB，單個硬碟的最大容量一般不能超過8GB，所以如果硬碟容量超過8GB，8GB以上空間則因無法利用而浪費。
2、FAT32格式
而FAT32是Windows 95 OSR2版開始推出相容16位的32位檔案系統。最大特點為使用較小的簇（每簇僅為4KB）分配檔案單元，大大提高硬碟空間利用率，減少了浪費。單個硬碟的最大容量達到2TB（1TB=1024GB），為海量硬碟的使用者提供了方便。它支援長檔名，能很好執行 DOS、Windows 95－2000的各種版本，但系統開銷要大於FAT16。這種檔案系統的安全性仍然較差。目前，支援這一磁碟分割槽格式的作業系統有Win 97、Win 98和Win 2000/XP。但是，這種分割槽格式也有它的缺點，首先是採用FAT32格式分割槽的磁碟，由於檔案分配表的擴大，執行速度比採用FAT16格式分割槽的硬碟要慢；另外，由於DOS系統和某些早期的應用軟體不支援這種分割槽格式，所以採用這種分割槽格式後，就無法再使用老的DOS作業系統和某些舊的應用軟體了。
二、NTFS檔案系統：
NTFS具有FAT的所有基本功能，並提供了優於FAT和FAT 32檔案系統的特點：更好的檔案安全性和更大的磁碟壓縮。 支援大磁碟，最大可達2tb（NTFS的最大驅動器容量遠遠大於FAT的最大驅動器容量，並且隨著驅動器容量的增加，NTFS的效能並不下降，這與FAT有很大不同）。 可以在安裝過程中，將現有的分割槽轉換為NTFS。也可以在安裝後的任何時候，透過在命令提示符下使用convert.exe程式，將檔案系統從FAT轉換為NTFS。但是隻有Windows NT/2000/XP才能識別NTFS系統，Windows 9x/Me以及DOS等作業系統都不能支援、識別NTFS格式的磁碟。由於DOS系統不支援NTFS系統，所以最好不要將C：盤製作為NTFS系統，這樣在系統崩潰後便於在DOS系統下修復。但是NTFS檔案系統存在一個明顯的不足，就是如果使用NTFS格式化分割槽，那麼只有Windows 2000可以訪問在該分割槽上建立的檔案，其他作業系統不能使用Windows 2000 NTFS分割槽。