播種或扦插前對苗圃土壤進行消毒，可消滅病菌，確保苗木安全。常用且效果較好的方法有以下幾種：

（1）五氯硝基苯

每平方米苗圃地用75%五氯硝基苯4克、代森鋅5克，混合後，再與12千克細土拌勻。播種時下墊上蓋。防治由土壤傳播的炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。

（2）福爾馬林

每平方米苗圃地用福爾馬林50毫升加水10千克均勻地噴灑在地表，然後用草袋或塑膠薄膜覆蓋，悶10天左右揭掉覆蓋物，使氣體揮發，兩天後可播種或扦插。防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病效果良好。

（3）波爾多液

每平方米苗圃地用等量式（硫酸銅∶石灰∶水的比例為1∶1∶100）波爾多液2.5千克，加賽力散10克噴灑土壤，待土壤稍幹即可播種扦插。對防治黑斑病、斑點病、灰黴病、鏽病、褐斑病、炭疽病效果明顯。

（4）多菌靈

多菌靈能防治多種真菌病害，對子囊菌和半知菌引起的病害防治效果好。土壤消毒用50%可溼性粉劑，每平方米拌1.5克，可防治根腐病、莖腐病、葉枯病、灰斑病等，也可按1∶20的比例配製成毒土撒在苗床上，能有效地防治苗期病害。

（5）硫酸亞鐵

用3%溶液處理土壤，每平方米用藥液0.5千克，可防治針葉樹的苗枯病，桃、梅縮葉病，兼治缺鐵引起的黃化病。

（6）代森銨消毒

代森銨殺菌力強，能滲入植物體內，在植物體內分解後還有一定肥效。用50%水溶代森銨350倍液，每平方米苗圃土壤澆灌3千克稀釋液，可防治黑斑病、霜黴病、白粉病、立枯病等多種病害。