明朝的倭寇問題並非只在嘉靖朝存在，實際上整個大明朝始終倭患不斷，倭寇與北方少數民族一起構成明朝的主要外患，即所謂的“北虜南倭”。

早在洪武年間倭寇便大肆侵犯我東南沿海地區，朱元璋在位期間有記載的竟達44次之多。未解決倭寇犯邊的問題，朱元璋最先想到的解決辦法是：和。

洪武元年，（朱元璋）遣使以即位詔諭日本、占城、爪哇、西洋諸國。希望與領國建立和睦相處的友好關係，不料“日本王良懷不奉命，復寇山東，轉掠溫、臺、明州旁海民，遂寇福建沿海郡”

忍氣吞聲實在是不像朱元璋的作風，不過為了東南沿海的百姓，朱元璋還是忍下一口氣，於洪武二年派楊載、吳用等七人再次出使日本。這一次朱元璋態度強硬，信中說：

自辛卯以來，中原擾擾，彼倭來寇山東，不過乘胡元之衰耳⋯⋯倭兵數寇海邊，生離人妻子，損傷物命。故修書特報正統之事，兼諭倭兵越海之由，詔書到日，如臣，則奉表來庭；不臣則修兵自固，永安境土，以應天休。如必為寇盜，朕當命舟楊帆諸島，捕絕其徒，直抵其國縛其王。

日本南朝的懷良親王見朱元璋如此強硬，殺了其中的5人，剩下2人扣留。朱元璋繼續忍，洪武三年三月，派遣萊州知府趙秩出使日本，這次語氣更加強硬：蠢爾倭夷，出沒海濱為寇，已嘗遣人往問，久而不答，朕疑王使之，故擾我民。

日本不知中國發生何事，以為還是元朝，而元朝曾經是打過日本的，所以懷良親王殺了趙秩的隨從。一年後，日本才知道元朝滅亡，漢人執掌政權，於是遣史隨趙秩到中國朝貢，奉表稱臣，還歸還倭寇抓走的七十多個華人。“懷良遣其臣僧祖來進表箋，供馬及方物，並僧九人來朝；又送明州、台州被虜男女七十餘口。”

朱元璋亦不知此時日本處於南北朝時期，南朝政府的懷良親王根本無法代表日本中央政府。所以雖然中日兩國建立外交關係，但是倭患反而愈演愈烈。朱元璋對日本政府失望透頂，當他得知和明朝聯絡的是南朝政府而非中央政府時才發現自己被騙了，從洪武七年開始拒絕日本的朝貢。

朱元璋不僅自己不對日本用兵，還擔心後代出兵日本，洪武二十八年，頒佈《皇明祖訓》，列出十五個永不出兵征討的國家，日本就是其一，並且說這些國家：

四方諸夷，皆限山隔海，僻在一隅；得其地不足以供給，得其民不足以使令。若其自不揣量，來擾我邊，則彼為不祥。彼既不為中國患，而我興兵輕伐，亦不祥也。吾恐後世子孫，倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，致傷人命，切記不可。但胡戎與西北邊境，互相密邇，累世戰爭，必選將練兵，時謹備之。

顯然，朱元璋希望透過外交手段解決長期襲擾東南沿海的倭寇問題，外交手段失敗了也只是在本土追剿倭寇，並沒有出兵日本，究其原因，可以歸結為以下三點：

一、沒有必勝的把握

元世祖數遣使趙良弼招之不至，乃命忻都、范文虎等帥舟師十萬徵之，至五龍山遭暴風，軍盡沒。後屢招不至，終元世未相通也。

元世祖忽必烈曾兩次東征日本，均以失敗告終。元朝極盛之時不可謂不強，而明軍也沒有海上大規模作戰的經驗，日本雖小，卻有一海之隔，明軍勞師遠征，勝負難料，一旦輸給日本，朱元璋一世英名毀了不說，對國家而言也不是好事。朱元璋是不會打沒把握的仗的。

二、國家需要休養生息

明朝剛剛建立，蒙元逃到漠北。國家剛剛結束戰亂尚不安寧，日本不過是小毛病，北元才是心腹大患。再說國家頻繁用兵，勞民傷財，受傷的還是百姓。

三、得不償失

正如朱元璋所說，“得其地不足以供給，得其民不足以使令”。在當時看來，即使攻下日本，也不好管理，對中國本土毫無用處。

朱元璋不主動攻打日本，但是岸上抗倭還是很積極的。然而，整個大明朝倭患不斷，可見朱元璋一生英明，對倭寇一事的處理卻很糊塗。雖然出兵日本有種種弊端，但是打一下也未嘗不可，畢竟長痛不如短痛。

主要是不值 1.帝國以農業為本，這就導致帝國以陸軍為主，缺乏海軍，在統治者看來，為了一些可有可無的貿易而建立一隻強大的艦隊去維持秩序顯然大材小用。國家初建，百廢待興、人口銳減的同時北元的餘孽時時威脅著北疆，所以，如何對付蒙古人的反撲，如何應付帝國境內此起彼伏的叛亂才是當務之急，而這一切依靠的是陸軍而不是海軍完成的。 2.“大國有徵伐之道，小國有禦敵之兵”，這句話是日本的幕府將軍說的，在向大明示弱以示好的同時，提醒著明太祖，元朝曾兩次帥軍東征，最後卻全軍覆沒，日本的戰力可見一斑。似乎是在說明你明軍即使勝了也是慘勝。

帝國初建，不可能也沒必要發展海軍，而且這場仗也非必勝，才是明太祖不發兵的原因吧。