這個問題很有意思。但是這個問題是典型的事後諸葛亮。

根據當時日本的作戰計劃，攻擊中途島之前有一個進攻阿留申的動作，透過這個動作想先引誘美華人北上，然後再發起中途島攻擊。在航空母艦奪取制空權並攻擊陸上設施之後，掩護登陸部隊上岸。這個時候預計美國艦隊會南下趕來支援，再一舉殲滅。

所以，從這個方案來看，南雲發起攻擊的當時，周圍應該沒有美國的航空母艦。當時由於珊瑚海海戰剛剛結束，日本擊沉美國航母一艘，重創一艘。另外美國薩拉託加號也在修理。所以預計能夠出動的美國航母應該是兩艘。而且事先在珍珠港外埋伏的潛艇也沒有報道美國航母出動的資訊（事實上早就開走了），另外本來準備派遣水上飛機對珍珠港進行偵察，這個行動事先被美國破獲，在預計中途加油地點安排了軍艦守侯，所以這個計劃也被取消。總之，南雲發起攻擊時，從各個方面都想不到美國航空母艦在其周圍。

另外，參加進攻的四艘航空母艦，兩艘是改裝的，載機相對較少。飛龍級也是中型航母，飛機也不算多。真正重型的兩艘一艘修理，一艘北上了。所以南雲手中的航空兵力不算多，在這種情況下，第一把當然力求能摧毀中途島的岸上航空力量。

不過值得一提的是，其實南雲是準備了後手的，本來預計第一波出動就可以達到目標，所以留了第二波都是隨時準備攻擊附近可能的美國軍艦的。所以，當時日本97艦攻已經掛了魚雷。從這個角度上說，南雲還是滿有經驗的。但是，後來第一波打擊不成功，需要第二波出動，只能改掛炸彈。然後，利根上彈射裝置出了故障，這個方向的偵察機晚出動了，而且偵察能力有問題，一會說發現航母，一會兒說沒有的。結果魚雷換炸彈，炸彈換魚雷。美國飛機正好這個時候來了。

應該說，中途島戰役美國取得勝利，除了情報之外，運氣有很大成分。南雲的指揮能力稍有欠缺，但不是主要原因。

這是因為日本人沒有想到美華人破獲了日本的海軍的密碼，完全熟悉了日本的作戰計劃，而採取了有針對性的佈置。

本來在日本人在攻擊中途島之前，已經派飛機攻擊了阿留申群島，還有其他地方進行了攻擊。在日本人預想中，美華人應該接到這些地方被攻擊的資訊，並且派出軍隊去支援，而且美華人很難預料到中途島會遭到攻擊，並且日本人在美華人向中途島的方向派出了潛艇編隊，假如美國的航空母艦出來的話。潛艇會報告美軍航母動向。

本來這些萬全之策因為日本人的密碼被美華人破譯之後全部成了擺設，因為美華人已經熟悉了日本的計劃，所以阿留申群島的攻擊沒有起到任何的作用，而日本人佈置的潛艇部隊在到達之前，美國的航母艦隊已經越過那個地方，提前在中途島東北方向伏擊好。

所以美華人對日本的計劃一清二楚，而日本人對美華人的佈置確是一無所知，所以出現那些問題是在所難免的，並不是說南雲忠一能夠解決好的。