傅良佐祖籍江西，1873年，生於湖南省吉首市乾州鎮。

1894年（光緒20年），傅良佐入湖南時務學堂，後來轉學北洋武備學堂。畢業後，他赴日本留學，自陸軍士官學校第3期炮兵科畢業。歸國後，他歷任北洋督練處提調、兵備幫辦。1907年（光緒33年），他在東三省兵備處擬訂軍制，後來升任吉林邊務幫辦兼護理督辦事宜。此後，他被袁世凱聘為軍事參議。

中華民國成立後的1912年（民國元年），傅良佐任袁世凱的總統府軍事處處長，升任中將。同年11月，他任察哈爾副都統。翌年6月，他轉往直隷省，任薊楡鎮守使及高等軍事裁判處處長。

1916年（民國5年）5月，傅良佐升任陸軍部次長。同年6月袁世凱死後，他投入段祺瑞領導的皖系，成為段祺瑞手下「四大金剛」之一。翌年7月張勳復辟時，傅良佐輔佐段祺瑞討伐張勳。翌月，傅良佐因功升任湖南督軍兼冠威將軍。同年11月，他在同陸榮廷領導的舊桂系作戰中敗北，被迫退出湖南。後來他轉任邊防督辦公署參謀長。

1920年（民國9年）7月直皖戰爭時，傅良佐作為段祺瑞的密使到天津同直系進行交涉。後來，傅良佐被直系逮捕收監。結果皖系在直皖戰爭中敗北，他也於1922年（民國11年）5月被釋放。此後，他從政界引退，在天津閒居。

1924年，病逝於天津，終年51歲。