單純從遊戲流程來看，很難得到完整的劇情。但是拳皇是有漫畫的，而且是港漫，不過個人覺得個人認為港漫是改編得還挺不錯的同人，但也只是同人，不是官方的劇情內容，並且是不被官方設定承認的，但是很多人被這類同人作品腦洞大開運用的劇情所誤導，甚至出現了複製改造盧卡爾復活並參加98,2002拳皇大賽的說法。

拳皇的官方劇情主線就十分冗長，暗線也很很多而且個人認為比主線有趣的多【個人看法勿噴~】但是這些劇情都太長了，一個人根本寫不完，拳皇裡那麼多人，且劇情設定都不一樣，如果要寫就是有一部百科全書的節奏。

94-97大蛇篇:熱愛格鬥，野心勃勃的痴漢軍火商盧卡爾召開了拳皇大會，妄想打敗所有格鬥家做成實體娃娃。結果被主角光環的草剃京打敗。意欲復仇，目光瞄向傳說中的大蛇之力。與此同時，大蛇一組成員高尼茨洞悉了痴漢盧卡爾的復仇慾望和野心，賜予一滴大蛇之血給盧卡爾，同時派族人兩名制服誘惑秘書監視盧卡爾。次年的拳皇大會，覺醒盧卡爾還是被主角打敗，被大蛇之力搞得精盡人亡。次年也就是96年，觀察人類已久的高尼茨終於上場，表明身份我們大蛇一族的目標是喚醒大蛇，清洗世界。現在我要清除第一個障礙，當你封印大蛇的三神器家族的後人。主角團：京八樂。然而又被主角光環打敗。死前放話，你們等著，還有族人繼續我的使命。97年:果不其然，大蛇一族剩下的成員地獄樂隊覺醒了，遵照老高的遺願，集合所有格鬥家的力量召喚出了大蛇。結果在主角光環面前，仍然被封印了。此役後，草薙京重傷被捕，巴神神樂元氣大傷回家休整。

99-2001音巢篇：捕獲草薙京的組織叫音巢，nests，目的是克隆草薙京來應對未來大蛇復活，此時音巢卻發生了政變，一名叫做美絲迪的神秘人加入了音巢，慫恿太子伊格尼斯篡位弒父。自此音巢的目的成為利用草薙京克隆出來的人形兵器征服世界。誕生了新一批主角和熱門人物，比如k，庫拉，安琪兒，經過一系列戰鬥，打敗了古麗茶力度，zero等boss，不斷追求真相，最終他們粉碎音巢的陰謀，集體暴動，打敗了伊格尼斯。草薙京慘遭蹂躪終於逃出生天，基友巴神始終不離不棄的尋找，主角位置讓給了k。

2003-kof13:音巢覆滅了，然而主角們是不可能閒下來的。這輩子都不可能閒下來的，boss們個個都是人才，實力又強勁，戰鬥中才能體現人生價值，超喜歡戰鬥的。經過休整草薙京實力迴歸頂峰，也迎來了強大的敵人，利用2000年九星連珠異象穿越來的一群人，自稱是遙遠彼岸的人。目標不明。同時，新生代主角阿修，伊麗莎白閃亮登場，這群穿越的人想要開啟大蛇封印，主角肯定不幹。就這麼打起來了。同時，新生代主角阿修閃亮登場。讓人奇怪的是這位主角不幹主角該乾的事，盡搗亂。京八樂辛辛苦苦解決掉boss石化人無界，被趁亂偷襲，搶走了三神器之一八沢鏡，廢了神樂武功。第二年破壞大蛇封印，巴神草薙剛剛打完昆蟲人貨忌，巴神感應到大蛇氣息，瞬間變瘋八，被阿修偷走神器，不過巴神始終是巴神，火沒有了，爪子更犀利兇狠，力量更加純粹的爪八誕生了。阿修這回成了眾矢之的，被眾人追著打。甚至青梅竹馬的姐姐伊麗莎白都不再相信他。到了kof13，遙遠彼岸的人忽然集體現身會場，首領齋祀掌握時間之力，是與大蛇平起平坐的另一個地球意志。此時憑藉大蛇之力打開了時空之門。他透露此行目的是揭開大蛇封印，開啟時空之門，穿越回古代改變自己一族被屠殺的命運。阿修是自己曾曾曾…孫子。是我授意他奪取神器的。正在洋洋得意中，被阿修爆菊……。阿修完事後如釋重負的解釋道，為了拯救世界，為了積蓄力量對抗祖先，他不得不假意聽從宅死的安排。現在終於時機成熟。終於消滅biss，迴歸正義一方的懷抱。正說著，宅死的意志侵蝕了阿修，二合一力量過於強大世界一片混沌白光。白光內，阿修與祖先進行了深入的靈魂對話。阿修拒絕了齋祀的勸說，不進時空之門。時空之門關閉了。他們沒能改變自己被伊麗莎白家族屠殺的歷史。自然也未出現在現代社會中，就這樣瞬間消散。作為後代的阿修，祖先都消失了，自己也成為從未出現過的人，所有人腦海中關於阿修的記憶自動清除。只有伊麗莎白的記憶完整保留。巴神取回火焰與草薙繼續相愛相殺無盡決鬥。小彩蛋：音巢的美絲迪就是遙遠彼岸的人，臥底音巢就是挑起戰爭。失敗後潛伏在中國飛賊一族有所圖謀。

拳皇14:劇情尚未展開。根據目前放出的劇情，boss威爾斯來歷成謎。大蛇似有復甦跡象。關鍵人物八神庵。似乎有兩隻巨大的手在操控著他。未來將會有什麼陰謀。主角面臨怎樣的危機。讓我們拭目以待。