梵（艾爾）[下稱主角]在十年前收戰爭牽連失去了他們的母親，後來被送貨店的店長收養。十年後，在一次運送任務中，受到異常者的干擾，主角被轟到了山崖下，就在這時遇到了這次的委託人：芙蕾妮——守護者基地的指揮官。但就在這時一條機械大蛇出現並攻擊大夥，主角挺身而出，委託物品“生命金屬”MODEL X受到感動與主角合體ROCK ON。打倒大蛇後，主角就開始尋找沒有會合的店長，之後便順利找到了，並且知道店長也和MODEL Z合體了。他們瞭解到異常者是由某社社長所操縱，於是便去尋仇了。但是他的實力太強大，擁有者初代“生命金屬”MODEL V這個毀滅性的力量，連先出發的店長都被打倒。趕到的主角卻要和被操縱的店長戰鬥。戰後，店長倒下，主角也無力戰鬥。社長離開後，受到小兵圍攻的主角此時說他想要力量，受到鼓舞的MODEL Z與MODEL X同時與主角合體，成為洛克人ZX。此後，他便去收集其它被社長搶來的4個“生命金屬”，已開啟MODEL V的大門，期間他了解到了芙蕾妮姐姐的事情，對MODEL V也有更深的瞭解。在打倒了最後的兩個洛克人：潘多拉和普里米斯後（並沒有陣亡），衝進去打社長。一輪激戰過後，社長陣亡，MODEL V飛散，在光團中重遇店長，醒後迴歸現實，ZX結束。幾年後，在培養槽中不小心出來的格雷和獵人的愛舍分別被潘多拉和普里米斯追擊，落到“獵人營地”裡，作為獵人生存下去。在第一次任務裡，他們運送“生命金屬”去政府總部裡吉昂斯，不了受到潘多拉和普里米斯追擊，這時“生命金屬”MODEL A出手相助與主角合體，潘多拉和普里米斯撤退。MODEL A的能力是輔助，由此主角可以使用打敗過的BOSS的力量。由於異常者的干擾，火車壞了，回到營地報告時出現任務委託人：三賢者，被告知要到飛艇那拿維修器材。經過幾輪奔波，終於到達飛艇那裡了，但是卻遇到四天王之一的火之洛克人MODEL F，將其打倒後便知道了MODEL V的計劃。修好火車來裡吉昂斯的途中，又遇到四天王之一的影之洛克人MODEL P，打倒後卻知道一個驚人的事實：三賢者之一的阿爾伯特就是製造MODEL V的人，幕後黑手。去到裡吉昂斯，阿爾伯特露出本性，擋下了主角憤怒的一擊後逃去。在剩下的兩位賢者托馬斯和米海爾的幫助下，主角又分別打敗了西天王中的風之洛克人MODEL H和冰之洛克人MODEL L，進一步瞭解MODEL V的計劃。去到地下通道偶遇前作主角，但由於誤會開打了，在獲得ZX的資料後，MODEL V計劃完全浮出水面。MODEL V是靠吸收人的恐懼和憤怒成長的，當成長到最後時，便會成為最強的洛克人。並從ZX那裡獲知，他的“生命金屬”被盜了變成四天王。受到ZX的幫助，主角來到研究所，並知道潘多拉和普里米斯原來是阿爾伯特製造的洛克人，是阿爾伯特的傀儡，一直對他懷恨在心。並發現一個比他們製造得還早的洛克人。最後找到阿爾伯特，潘多拉和普里米斯出現，打倒阿爾伯特，主角再打倒潘多拉和普里米斯，被打倒的他們因憤怒反而被MODEL V吸收。此時一個洛克人出現，原來他才是真正的阿爾伯特，最初的洛克人。MODEL V吸收完畢，變成了巨大的要塞。將要絕望的主角，ZX趕到，利用他的守護者基地登上要塞。在與復活的BOSS車輪戰過後，被四天王攔住，幸虧ZX相助，主角衝去阿爾伯特那裡。在最後的談話裡，知道了格雷原來是阿爾伯特的備用品，愛舍則是阿爾伯特的女兒，所以他們都能與MODEL A合體。千辛萬苦解決了阿爾伯特後，主角體力不支倒下，MODEL Z為ZX拖時間，把主角救來回來。平穩的生後回來了。ZXA結束。隱藏劇情：托馬斯：要成為平定天地，造就新生命的神…嗎米海爾：這就是最後的任務報告呀。阿爾伯特那傢伙，竟然說出如此狂妄的話來。托馬斯：米亥爾…你認為由我們創造新生命是種狂妄的行為嗎？米海爾：你在說甚麼傻話啊…託瑪斯，沒想到連你也會有那種妄想呢。托馬斯：為了讓人類與思考型機器人有平等待遇，我們不是制定了相關的法律嗎？你還記得嗎？那是由阿爾伯特和我贊成而制定的。米海爾：你…你到底想說甚麼…？托馬斯：…給予人類一個機械身體、為思考型機器人設定壽命…那麼，你認為Original成為機械身體前的肉身到哪兒去了？在設定壽命前，作為思考型機器人的Original的資料又在哪兒？（四大天王出現在託瑪斯身前）米海爾：託瑪斯…你…！托馬斯：阿爾伯特做錯了，所以我給予獵人們力量打倒他。但是…那傢伙也有一句說話是正確的：『這個世界，不得不重頭來過。』也就是說，MODEL Z的犧牲白費，托馬斯和阿爾伯特都是黑手，只剩下米海爾老頭了
梵（艾爾）[下稱主角]在十年前收戰爭牽連失去了他們的母親，後來被送貨店的店長收養。十年後，在一次運送任務中，受到異常者的干擾，主角被轟到了山崖下，就在這時遇到了這次的委託人：芙蕾妮——守護者基地的指揮官。但就在這時一條機械大蛇出現並攻擊大夥，主角挺身而出，委託物品“生命金屬”MODEL X受到感動與主角合體ROCK ON。打倒大蛇後，主角就開始尋找沒有會合的店長，之後便順利找到了，並且知道店長也和MODEL Z合體了。他們瞭解到異常者是由某社社長所操縱，於是便去尋仇了。但是他的實力太強大，擁有者初代“生命金屬”MODEL V這個毀滅性的力量，連先出發的店長都被打倒。趕到的主角卻要和被操縱的店長戰鬥。戰後，店長倒下，主角也無力戰鬥。社長離開後，受到小兵圍攻的主角此時說他想要力量，受到鼓舞的MODEL Z與MODEL X同時與主角合體，成為洛克人ZX。此後，他便去收集其它被社長搶來的4個“生命金屬”，已開啟MODEL V的大門，期間他了解到了芙蕾妮姐姐的事情，對MODEL V也有更深的瞭解。在打倒了最後的兩個洛克人：潘多拉和普里米斯後（並沒有陣亡），衝進去打社長。一輪激戰過後，社長陣亡，MODEL V飛散，在光團中重遇店長，醒後迴歸現實，ZX結束。幾年後，在培養槽中不小心出來的格雷和獵人的愛舍分別被潘多拉和普里米斯追擊，落到“獵人營地”裡，作為獵人生存下去。在第一次任務裡，他們運送“生命金屬”去政府總部裡吉昂斯，不了受到潘多拉和普里米斯追擊，這時“生命金屬”MODEL A出手相助與主角合體，潘多拉和普里米斯撤退。MODEL A的能力是輔助，由此主角可以使用打敗過的BOSS的力量。由於異常者的干擾，火車壞了，回到營地報告時出現任務委託人：三賢者，被告知要到飛艇那拿維修器材。經過幾輪奔波，終於到達飛艇那裡了，但是卻遇到四天王之一的火之洛克人MODEL F，將其打倒後便知道了MODEL V的計劃。修好火車來裡吉昂斯的途中，又遇到四天王之一的影之洛克人MODEL P，打倒後卻知道一個驚人的事實：三賢者之一的阿爾伯特就是製造MODEL V的人，幕後黑手。去到裡吉昂斯，阿爾伯特露出本性，擋下了主角憤怒的一擊後逃去。在剩下的兩位賢者托馬斯和米海爾的幫助下，主角又分別打敗了西天王中的風之洛克人MODEL H和冰之洛克人MODEL L，進一步瞭解MODEL V的計劃。去到地下通道偶遇前作主角，但由於誤會開打了，在獲得ZX的資料後，MODEL V計劃完全浮出水面。MODEL V是靠吸收人的恐懼和憤怒成長的，當成長到最後時，便會成為最強的洛克人。並從ZX那裡獲知，他的“生命金屬”被盜了變成四天王。受到ZX的幫助，主角來到研究所，並知道潘多拉和普里米斯原來是阿爾伯特製造的洛克人，是阿爾伯特的傀儡，一直對他懷恨在心。並發現一個比他們製造得還早的洛克人。最後找到阿爾伯特，潘多拉和普里米斯出現，打倒阿爾伯特，主角再打倒潘多拉和普里米斯，被打倒的他們因憤怒反而被MODEL V吸收。此時一個洛克人出現，原來他才是真正的阿爾伯特，最初的洛克人。MODEL V吸收完畢，變成了巨大的要塞。將要絕望的主角，ZX趕到，利用他的守護者基地登上要塞。在與復活的BOSS車輪戰過後，被四天王攔住，幸虧ZX相助，主角衝去阿爾伯特那裡。在最後的談話裡，知道了格雷原來是阿爾伯特的備用品，愛舍則是阿爾伯特的女兒，所以他們都能與MODEL A合體。千辛萬苦解決了阿爾伯特後，主角體力不支倒下，MODEL Z為ZX拖時間，把主角救來回來。平穩的生後回來了。ZXA結束。隱藏劇情：托馬斯：要成為平定天地，造就新生命的神…嗎米海爾：這就是最後的任務報告呀。阿爾伯特那傢伙，竟然說出如此狂妄的話來。托馬斯：米亥爾…你認為由我們創造新生命是種狂妄的行為嗎？米海爾：你在說甚麼傻話啊…託瑪斯，沒想到連你也會有那種妄想呢。托馬斯：為了讓人類與思考型機器人有平等待遇，我們不是制定了相關的法律嗎？你還記得嗎？那是由阿爾伯特和我贊成而制定的。米海爾：你…你到底想說甚麼…？托馬斯：…給予人類一個機械身體、為思考型機器人設定壽命…那麼，你認為Original成為機械身體前的肉身到哪兒去了？在設定壽命前，作為思考型機器人的Original的資料又在哪兒？（四大天王出現在託瑪斯身前）米海爾：託瑪斯…你…！托馬斯：阿爾伯特做錯了，所以我給予獵人們力量打倒他。但是…那傢伙也有一句說話是正確的：『這個世界，不得不重頭來過。』也就是說，MODEL Z的犧牲白費，托馬斯和阿爾伯特都是黑手，只剩下米海爾老頭了