1953年3月5日，斯大林死後，貝利亞命令國家安全部併入內務部，並親自任內務部部長。權力很大，3月13日，釋出了《關於成立偵查小組重新審理一些特大案件的命令》、《關於成立蘇聯公民被強制遷出喬治亞案件審理委員會的命令》。 3月17日，提交了《關於移交蘇聯內務部一些單位的報告》。

3月18日，提交了《蘇聯部長會議關於移交內務部一些單位的決議草案》。 3月21日，提交了《關於重新審議1953年一些基建專案的報告》，釋出了《關於重新審理控告蘇聯空軍和航空工業部前領導人案件的命令》。 為捲入醫生案件、明格列爾人事件、列寧格勒案件、猶太人反法西斯委員會案件的幾個和自己關係密切的同僚予以平反，並留在內務人民委員部擔任要職，同時讓剛擔任中央書記的謝苗·傑尼索維奇·伊格納季耶夫失勢下臺，之後又借平反對喬治亞負責安全部門的官員進行更換。

3月25日，提交了《蘇聯部長會議關於修改1953年建設計劃的決議草案》。並開始市場化嘗試和機構改革，使內務人民委員部的作用日益凸顯。3月26日，提交了《關於實行大赦給蘇共中央主席團的報告》。這之後提交了一些列的法案。

貝利亞違反大赦令的規定，下令將幾個勞改集中營關閉，數百萬犯人（規定一般拘留期不得超過5年，兒童、懷孕婦女和老人、絕症患者立即釋放，但是政治犯被排除在外）被釋放，這些人流竄到莫斯科和其它城市，社會治安迅速惡化激起很大民憤，貝利亞以維護公共秩序為託辭，在莫斯科保留了自己的武裝力量；

內務部，其分支機構和特工人員廣佈於全國上下所有的組織和部門之中。此外，保護克里姆林宮以及所有蘇維埃政府大員和中央主席團成員的衛隊也均屬貝利亞統領。內務部負有邊防警戒的職責，因而還擁有不少於 10 個師的直屬部隊。

同時改變對南斯拉夫政策，1953年6月17日的一場東德人民示威遊行活動。原本是6月16日東柏林300名建築工人因抗議國營公司領導提高工作定額而不加薪的一次小規模的經濟罷工，但是在當天工人的要求被拒絕的訊息被位於西柏林的美國佔領區廣播電臺播報之後，罷工活動於此日發展成為一場遍及東德各大城鎮的人民群眾示威遊行。對內亂中的東德不採取武力干涉，東德六一七事件中，莫洛托夫等一眾蘇聯元老認為貝利亞有交出東德以換取停止冷戰、及將外交政策“去布林什維克化”、主張對美屈服的傾向，促成了拿下他的決心。

1953年6月26日上午，蘇共中央召開部長會議主席團和中央委員會主席團聯席會議，朱可夫按照約定帶領將軍和士兵在外等候，會議室內當赫魯曉夫將他召來斥其是“混進黨內的、投機鑽營的野心家”時，他驚訝地說“怎麼了尼基塔·謝爾蓋耶維奇？你怎麼抓起我褲子裡的蝨子來了？”之後布林加寧、莫洛托夫等要人紛紛痛斥他，當他向馬林科夫求救時，這位好友別過頭去。

眾人中只有米高揚說“（貝利亞）只要接受批評，並能堅決改正，不是不可挽救的”。之後馬林科夫按下電鈴，朱可夫帶著一群軍人將他抓走，據傳說朱可夫說“以蘇聯人民的名義，你被捕了，雜種同志。”之後從他公文包裡搜出一張紙條，上面用紅鉛筆寫著“警報!警報!警報!”，這是他在意識到危險後立即寫下的（可能想交給他的克里姆林宮衛隊）。

在事先佈置人手時，朱可夫特別呼叫了他自己和布林加寧的黑玻璃轎車兩輛將人手運進克里姆林宮去。《真理報》發表《黨、政府、蘇聯人民牢不可破的團結》社論。同日，貝利亞被指控為“修正主義、反社會主義和英國間諜”而被逮捕。

7月2日馬林科夫在全會上的《<關於貝利亞反黨叛國的罪行>的報告》指出：“……貝利亞靈活巧妙地利用自己在內務部的地位…以便把內務部置於黨和政府之上……企圖把黨中央和政府置於內務部的監督之下，簡直令人不能容忍…”。1953年7月7日，被解除黨內外一切職務。12月17日，塔斯社宣佈，蘇聯最高蘇維埃主席團於1953年6月26日決定撤銷拉·巴·貝利亞蘇聯部長會議第一副主席職務，並將其案件送交法院審理。1953年12月23日，被最高軍事法庭判處死刑，同時開除黨籍和剝奪其所有財產、褫奪軍銜和所有國家獎勵。

1953年12月23日，在莫斯科克格勃總部盧比揚卡大樓被帕·費·巴季茨基祕密處決，罪名是：“背叛祖國，為外國資本家賣力，糾集仇視蘇維埃國家的叛徒陰謀團伙，妄圖奪取國家政權，推翻工農蘇維埃制度，復辟資本主義和重建資本家的國家。”其母親、岳母、妻子、妹妹和兒子等20人被流放。

1953年12月31日，最高蘇維埃主席團正式釋出命令，決定開除其黨籍、褫奪蘇聯元帥軍銜、“社會主義勞動英雄”稱號和所有國家獎勵。安葬於莫斯科頓河修道院公墓。

其實答案很簡單，貝利亞作為情報機關負責人非常清楚一線的情況所以他主張兩德合併建立一個和平的友好的緩衝國避免德國的任何一個部分倒向西方，但是這是二戰後蘇聯強大的軍功集團無法接受的，因此他們聯合文官集團出身的赫魯曉夫幹掉了貝利亞進而繼續執行比較強硬的對外政策以維護軍人的利益