綜合工時制是針對持定行業而實行的，並不適用於普通行業。

製造企業應該實行標準工作時間，實行綜合工時制是違反勞動保障的相關法律法規的，應該向勞動行政部門舉報。

綜合計算工時工作制是針對因工作性質特殊，需要連續作業或受季節及自然條件限制的企業部分職工，採用的以周、月、季、年等為週期綜合計算工作時間的一種工作制度，但其平均日工作時間和平均周工作時間應與法定標準工作時間基本相同。

主要涉及交通、鐵路、郵電、水運、航空、漁業等行業中因工作性質特殊，需要連續作業的職工；地質、石油及資源勘探、建築、製鹽、製糖、旅遊等受季節和自然條件限制的行業的部分職工。

實行綜合工時制必須要勞動行政部門審批，經企業工會和勞動者同意。

經批准實行綜合工時制的用人單位，在一個計算週期內，其平均日工作時間和平均周工作時間應與法定標準工作時間相同，其超過部分應算作加班，其中法定節假日應按勞動法標準支付報酬。

對於第三級及以上體力勞動強度的崗位，勞動者每日連續工作時間不得超過11小時，而且每週至少休息一天。

對於在市場競爭中，由於外界因素影響，生產任務不均衡的企業的部分職工，也可以參照綜合計算工時制辦法實施。這是為了適應當前市場競爭的需要。

這些製造企業在實行綜合工時制時，要嚴格遵守相關的法律法規，獲得行政批准，與工會和勞動者協商，保證在一個計算週期內，平均日工作時間和平均周工作時間符合法定標準工作時間，在保障職工身體健康並充分聽取職工意見的基礎上，採取集中工作、集中休息、輪休調休、彈性工作時間等適當的工作和休息方式，確保職工的休息休假權利和生產、工作任務的完成。

製造企業對部分工人實行綜合工時制，可以按照合法程式來實施，要得到勞動行政審批和勞動者本人同意。

至於你說的因為實行綜合工時制後，工人少了加班費的問題，這又牽涉到工人過多加班，也是違反勞動保障法律法規的規定的，所以工人收入的提高不能靠加班來實現，而是要提高基本工資。而且實行綜合工時制後，雖然少了加班，但多了休息時間，可以在休息時間從事第二職業來增加收入。

不管採用那種工時制，都必須按照相關的勞動法律法規來執行，才能保障勞動者的權益。