因為實際上，you原本只有複數的含義

一個很明顯的證據是，you後面接的be動詞是複數形式，即are或were，而不是is或was。

而在中古英語當中，第二人稱有以下這些單詞

另，thee和thou，you和ye用法是有差異的，此處不表。

在約14世紀的時候，因為王室在自稱時只使用複數形式we，於是人們也只使用you和ye來稱呼王室，這種用法很快就傳播到了社會各個階層，用以稱呼比自己地位高的人。這樣一來，you和ye就多了一層表示尊敬的含義。

可以預見的是，當這種敬語的含義出現了之後，為了避免無意的冒犯，人們會更頻繁地使用敬語。就像漢語中的“您”，本身只是北方的一個方言詞，沒有特殊含義，但當它成為“你”的敬語之後，使用就變得越來越廣泛了。

到了16世紀，thee和thou這兩個第二人稱單數的用法就逐漸消失了。而隨著英語語法的簡化，you和ye的區別漸漸模糊，ye也退出了歷史舞臺，you正式成為唯一的第二人稱代詞。

後來，人們也發現了單複數相同帶來的問題。18世紀時，部分學者嘗試將you確定為單數，設計出you-all, you-uns等詞語來表示複數。但語言畢竟是自然發展的，這些詞語都沒有被廣泛應用。就這樣，you單複數同形的用法就沿用到了今天。

回到故事的開端，有人可能會好奇，為什麼王室會用複數來自稱呢？據說，這是受到了法語禮儀的影響，但我不會法語，也不瞭解具體，希望會法語的朋友能稍作補充。

PS. 其實現實中還是有其他的詞來代替“你們”的含義。比如y"all，就是you-all的合體，在美國比較常用，但這個詞給人感覺比較輕浮，只能作為口語使用。

2019.05.30更新：——

近期答主閱讀資料的時候意外解決了最後一點疑惑。英法語言禮儀中，王室以複數自稱，是由於羅馬帝國曆史上曾長期存在複數位皇帝同時在位的情況。於是拉丁語中首先出現了這一現象，隨後影響了羅曼語——即法語的前身，而法語形成之後也保留了這一特點，最後影響到了英語。