直線職能型組織結構的主要問題一般是由於管理職能分配在直接管理之外的“參謀”位置，導致在管理過程中管理職能經常不能有效的發揮和行使應有的管理作用。在實際管理實踐中，這種“結構”性的“缺點”確實存在。但是，根本上還是來自人，來自人的主觀管理意識對管理協同的影響。即人決定了這種“結構”性“缺點”的影響程度。下述解決原則供參考：

1. 從管理組織方向的解決原則是，以管理職能為根據建立管理體系，透過管理體系建立組織結構中孤立、分散的管理職能之間的直接管理聯絡，解決管理協同問題。例如：以質量管理部門為質量管理體系的管理業務領導，實現對質量管理的全面管控。

2. 管理的根本在於人。對人的管理是管理永恆的基本命題。這是任何企業組織形式都不能直接解決的問題。對人的管理不僅是約束，更重要的是培養建立在共同利益上的理解、幫助、尊重和人性關懷——共患意識。企業中的人際關係，決定了企業的組織管理關係及其影響。所以，需要在人及與人相關的管理方向上持久努力。

任何管理組織型式都有結構性的問題，所有結構性的問題之所以成為問題都有一個共同的原因——組織中的人和人際關係。對於企業來說，組織型式沒有最好，只有最合適。任何組織形式的企業都可能因卓越的管理成為最優秀的企業。