《黃帝內經》18卷最早見於東漢班固的《漢書·藝文志》。該志載有《黃帝內經》《黃帝外經》等醫經七家和《五藏六府痺十二病方》等經方十一家。但這些書隨後便湮沒不彰。直到晉初，皇甫謐撰《針灸甲乙經·序》首次提出:“按《七略》《藝文志》:《黃帝內經》十八卷，今有《針經》九卷、《素問》九卷，二九十八卷，即《內經》也。”後世將分別單獨流傳的《素問》《靈樞》合稱《內經》即濫觴於此。《素問》《九卷》之名雖然最早見於東漢末年張仲景的《傷寒雜病論·序》，但是在現存文獻中，直到晉代王叔和《脈經》才出現其原文。這一時期皇甫謐據《素問》《針經》《明堂孔穴針灸治要》三書內容分門別類，撰成《針灸甲乙經》12卷，始稱《九卷》為《針經》。隋唐時期，《素問》《針經》各有多種版本流傳。除《針經》外，還出現《靈樞經》《九靈經》等不同的本子。其中以唐代楊上善的《黃帝內經太素》和王冰的《黃帝內經素問》影響最大，對研究《內經》有重要價值。《靈樞》《針經》等傳本在北宋初期就殘缺不全。北宋元祐八年(1093年)，宋廷曾下詔將高麗獻來的《黃帝針經》刊印頒行。但至南宋初，《靈樞》《針經》等傳本大多亡佚。南宋紹興二十五年(1155年)，史崧將其家藏的《靈樞》9卷，參之他本別書，重新校正，擴為24卷，刊行於世。至此，《靈樞》傳本的文字基本定型，成為後世刻印的依據。