阿姆河支流較多，但多集中在上游180公里內，中下游河段的河水一部分用於灌溉，一部分被蒸發，徑流逐漸減少。阿姆河主要支流有：蘇爾哈勃河（即孔杜茲河）、卡菲爾尼幹河、蘇爾漢河和舍拉巴德河等。根據水文地理特徵，右岸另外兩條大支流一澤拉夫尚河與卡什卡達里亞河也應屬阿姆河流域，但這兩條河的水流均未到達阿姆河，因此，它們又可作為各自獨立的河流看待。

噴赤河幾乎全程穿流於深山峽谷之中，形成很多石灘與瀑布。河流全長921公里，流域面積11．35萬平方公里。在瓦赫什河匯流處以上200公里處，噴赤河的河河谷擴充套件，流速減小。該河在下游分出兩條漢流，形成一個50公里長、近15公里寬、多沼澤的烏爾塔土蓋伊島，島上滿覆蘆葦叢。噴赤河主要支流來自右岸，如貢特河、巴爾塘河、亞茲古列姆河、萬奇河及基澤爾河等。由左岸注入的支流很少，只有科克恰河。

瓦赫什河是組成阿姆河的第二條河流，河長524公里，流域面積3．91萬平方公里。是由克澤爾河與牟克河匯合而成。牟克河源自費德欽珂冰川。克澤爾河與牟克河匯流後，稱蘇爾霍布河；在唯一的左岸大支流鄂畢興高河注入後，才叫做瓦赫什河。瓦赫什河上游大多穿流在深山峽谷中，最後150公里才流動在滿布棉田與土蓋的寬闊河谷中。瓦赫什河的河槽分成許多汊流。瓦赫什河總落差835米，多年平均流量645立方米/秒，年徑流量202億立方米，徑流主要由融雪和冰川補給，5～9月的徑流量佔全年徑流量的77%。