基因工程工具酶主要包括限制酶、聚合酶、連線酶、修飾酶和核酸酶五大類，具體解釋如下：

1、DNA限制性內切酶

生物體內能識別並切割特異的雙鏈DNA序列的一種內切核酸酶。它是可以將外來的DNA切斷的酶，即能夠限制異源DNA的侵入並使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護細胞原有的遺傳資訊；

2、連線酶

它是一種封閉DNA鏈上缺口酶，藉助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA鏈的5"-PO4與另一DNA鏈的3"-OH生成磷酸二酯鍵；

3、聚合酶

系專司生物催化合成脫氧核糖核酸和核糖核酸的一類酶的統稱；

4、核酸酶

核酸酶有DNase、RNase、核酸酶S1等，可水解相應的DNA和RNA，核酸酶S1可降解單鏈DNA和RNA，用量增大也可降解雙鏈核酸，它可用於切去ds-cDNA合成中產生的髮夾環；

5、修飾酶

體內有些酶可在其他酶的作用下，將酶的結構進行共價修飾，使該酶活性發生改變，這種調節稱為共價修飾調節。

擴充套件資料：

工具酶的相關應用——多重放大技術：

為了獲得更高的檢測靈敏度，將多種訊號放大技術結合起來使用是一種有效途徑。基於切刻內切酶與DNA聚合酶組合作用的等溫迴圈鏈置換放大技術，是近年來被廣泛使用的一種工具酶組合訊號放大技術。

該技術的基本原理是：透過鹼基的互補配對雜交形成切刻內切酶的識別位點後，切刻內切酶在該位點對其中的一條核酸鏈進行切刻作用產生3′端為羥基的切口。

聚合酶識別該切口的3′端，以未切割的序列為模板，沿著3′到5′的方向複製聚合置換被切割鏈的另一段序列，最後形成一條完整的雙鏈結構。形成的雙鏈DNA再次被切刻內切酶識別剪下，啟動聚合酶反應。