南明小朝廷當然不止一個皇帝，1644年，崇禎皇帝吊死在煤山，而崇禎的三個兒子則下落不明，大明王朝一時群龍無首，大明是兩京制，北京的全套政府機構，在留都南京同樣也有。國不可一日無君，江南四鎮軍閥遂擁立小福王朱由崧為帝，改元弘光，朱由崧，神宗皇帝朱翊鈞之孫，福王朱常洵庶長子。是崇禎皇帝的堂兄。弘光朝只堅持不到一年，1645年被清軍攻滅，朱由崧被俘，押解北京，第二年在北京遇害。永曆帝為其上廟號安宗。

弘光朝覆滅後，1645年鄭芝龍、黃道周等人在福州擁立宗室唐王朱聿鍵登基稱帝，改元隆武，是為隆武帝，朱聿鍵是洪武系親王，朱元璋九世孫，唐定王朱桱八世孫。與萬曆系帝系血統已遠，屬遠支宗室，和神宗朱翊鈞一個輩分，是崇禎的遠支叔祖。隆武朝堅持一年即失敗，朱聿鍵被俘遇害，永曆帝上廟號紹宗。

隆武帝朱聿鍵遇害後，隆武朝大臣和時任唐王朱聿鐭逃往廣州，其他南明勢力則在肇慶擁立萬曆的另一個孫子，崇禎的堂弟桂王朱由榔為監國。唐王朱聿鐭搶先一步於11月5登基稱帝，決定第二年改元紹武，得到訊息的朱由榔驚怒交加，立即趕回肇慶，登基稱帝改元永曆。

一時間南明小朝廷二帝並立，互不承認，不顧清軍壓境，大敵當前的嚴峻形勢，竟然為了爭正統而火併起來。

正在紹武永曆自相殘殺的時候，清軍趁機包圍了朱聿鐭，旋即攻破廣州，俘獲朱聿鐭，朱聿鐭自殺殉國。

紹武政權建立只有一個多月就宣告覆滅，此後南明只剩下永曆帝一個皇帝，堅持抗清16年，於1662年被吳三桂殺害。廟號昭宗。

此外南明還有洪武系的親王魯王朱以海的監國政權，和退居臺灣的明鄭延平王政權。一直到鄭克塽降清，南明正式落下帷幕。