2000年起從安徽開始，透過逐步擴大試點省份，到2003年在全國全面鋪開。2004年開始農民土地補助。

“十五”（2000－2005）之初，中國開始了以減輕農民負擔為中心，取消“三提五統”等稅外收費、改革農業稅收為主要內容的農村稅費改革。

改革的主要內容是：取消鄉統籌、農村教育集資等專門向農民徵收的行政事業性收費和政府性基金、集資，取消屠宰稅，取消統一規定的勞動義務工；調整農業稅和農業特產稅政策；改革村提留徵收使用辦法。

從2004年開始，改革進入深化階段。改革的主要內容是：清理化解鄉村不良債務；取消牧業稅和除菸葉外的農業特產稅；實行取消農業稅試點並逐步擴大試點範圍，對種糧農戶實行直接補貼、對糧食主產區的農戶實行良種補貼和對購買大型農機具戶的農戶給予補貼。

推進鄉鎮機構改革、農村義務教育和縣鄉財政體制改革。吉林、黑龍江8個省份全部或部分免徵了農業稅，河北等11個糧食主產區降低農業稅稅率三個百分點，其他地方降低農業稅稅率一個百分點。

2005年，全國有28個省份全面免徵了農業稅，河北、山東、雲南也按中央要求將農業稅稅率降到2%以下。

2005年12月29日，十屆全華人大常委會第十九次會議高票透過決定，自2006年1月1日起廢止《農業稅條例》，取消除菸葉以外的農業特產稅、全部免徵牧業稅，中國延續了2600多年的“皇糧國稅”走進了歷史博物館。

擴充套件資料：

據史料記載，農業稅始於春秋時期魯國的“初稅畝”，到漢初形成制度。新中國成立以後，第一屆全華人大常委會第九十六次會議於1958年6月3日頒佈了農業稅條例，並實施至今。這一古老的稅種，已延續了2600年的歷史。