李自成進京後，他雖然沒脫下戎裝，但卻拒絕將幾十萬大軍駐紮城外，招撫吳三桂抵禦滿清建議，軍紀漸廢馳終究在滿漢地主武裝進攻下慘敗，劉宗敏戰死，牛金星投清，其他將領後轉入聯明抗淸鬥爭。

在很多人的印象中，李自成雖然麾下百萬而且又推翻大明王朝的統治，但實際上李自成手下名將並不多，最出名的當屬劉宗敏、郝搖旗、李過、李來亨、高一功、劉體純等人。

闖王帳下第一大將劉宗敏

劉宗敏出身貧苦，年少時曾靠鐵匠的手藝艱難生活，早在崇禎七年，劉宗敏已經追隨李自成，等到李自成接替高迎祥成為“闖王”之後，劉宗敏已經是李自成最得力的手下。

李自成最悲慘的時候，被打的僅剩18騎遁入山中，劉宗敏始終在李自成身邊不離不棄，幫助李自成東山再起。

正是因為這些功勞，劉宗敏對於李自成並不畏懼，經常懟的李自成頗為無奈，在攻下京城後，劉宗敏負責拷問明朝官員，因此留下惡名，民間傳言正是劉宗敏擄走了陳圓圓才導致吳三桂的反水。

李自成敗退北京後劉宗敏和丞相牛金星等人爆發了矛盾，導致大順軍內部瓦解，李自成死後不久劉崇敏也在九宮山戰敗被俘，隨後遇害。

李自成死後數十萬農民軍群龍無首，但是卻有一個相對一致的觀點，那就是聯明抗清，但是由於南明的傳統觀念，對農民軍繼續絞殺導致一部分農民軍殘部降清，但是也有很多農民軍殘部聯合南明成為了抵抗清軍的主力，在南明史中有一支戰鬥力強悍結局悽慘的隊伍，那就是“忠貞營”。

李自成遇害後，李自成的侄子李過，妻弟高一功等人帥殘部和南明堵胤錫等部共同抗清，隆武皇帝賜名“忠貞英”轉戰湘桂等地，成為了抗清的精銳武裝，1649年李過病逝，高一功繼續率部征戰，1654年在湖南戰死。

除了“忠貞營”還有一股武裝力量不得不提，那就是“夔東十三家”，郝搖旗，劉體純、李來亨等李自成部將率領大順軍殘部接受了南明永曆政權的冊封，在三峽地區堅持抗清。

在永曆皇帝遇難後，“夔東十三家”亡於清軍的圍剿，郝搖旗戰敗被俘，被清軍殺害，劉體純舉家自縊而亡，李來亨焚其妻子後自縊而死，除少數人投降外大部分均誓死沒有降清。

這些大順軍殘部雖然是以造反起家，但是在民族大義面前都能保持崇高的氣節，將那些面對清軍搖尾乞憐的明軍將領羞辱的體無完膚。

李自成生於明崇禎二年，他後來參加了起義軍，並帶兵推翻了明朝的統治。起義軍攻佔北京後不久，吳三桂便在山海關擊敗了起義軍，李自成自知不是吳三桂關寧鐵騎的對手，於是匆忙在武英殿為自己舉行了即位典禮。而後逃出北京，李自成屢戰屢敗，一逃再逃，最後竟不知所蹤。

對於李自成兵敗後的去向有以下幾種說法。

李自成死於九宮山的說法，來自阿濟格。阿濟格奏報清廷說，李自成逃到九宮山後，他身邊的隨從都死了，但屍體已經腐爛無法確認，其中是否有李自成只能繼續追查。南明抗清將領何騰蛟也在向南明小朝廷奏報說，李自成已在九宮山被斬首，可是頭顱丟失了。據多本史籍記載，李自成逃到九宮山後，他的軍隊確實已經被打散了，他自己也被鄉民所殺，郭沫若贊成這一說法，學術界對此也基本認可。但九宮山說還存在兩處疑點，首先屍體已經腐爛，且無法辨認，你怎麼知道死的哪個一定是李自成呢？其次，阿濟格和何騰蛟都只是聽聞此事，並未親自到九宮山確認李自成的屍體，這叫做死無對證。

除了李自成死於九宮山一說，還有另外一個非常著名的說法：李自成並沒有戰死，而是出家當了和尚。李自成當然不可能在九宮山（或者通山或者通城）就地出家，只能另外尋找其他的寺廟。李自成在哪裡削髮為僧的呢？有人說在石山的夾山寺。石山在哪裡呢？我們開啟湖南省地形圖，湖南省北部有個常德市，位於武陵山與洞庭湖平原之間的過渡帶上。常德市西北有個石門縣，位於澧水北岸。石門縣城東郊不遠有個夾山寺，相傳李自成隱居於此，自稱奉天玉和尚。也有人反對這一說法，有些學者認為夾山寺確實有一個和尚法號叫奉天玉。在夾山寺整修時，人們發現了刻有梅花百悅詩的殘本，同時被發現的還有李自成執政期間發行的永昌通寶銅幣，以及刻有永昌元年字樣的日常器物。史學也曾對奉天玉和尚墓中的出土文物進行考證，發現上面雕刻的寄語非常接近李自成家鄉的傳統，據此證明奉天玉和尚就是李自成本人。

持這一學說的學者認為李自成兵敗九宮山之後逃到了廣東。確切地說逃到了廣東省韶關市代管的樂昌市，因為這裡有一座金城山，有證據證明李自成在這裡繼續領導起義軍反抗清軍。但是在隨後的與清軍作戰的一次戰鬥中，由於叛徒出賣，李自成受了重傷就死了。

李自成之死距離現在已經過去了三百多年，歷史的真相除了當事人之外實在難以確定。而以上每一種說法各有各的道理，至於李自成人生的終局究竟如何，可能還要更多的考古發掘來作進一步的證明。