三湖繁殖慈鯛繁殖有兩種方式：

一種是基質型類繁殖，親魚會把卵產貝殼活產卵桶內，然後雌雄雙方會留在原地保護受精卵直到完全孵化，幼魚可以自由行動為止。

另一種就是大家熟悉的口孵類了，雄魚會在完成受精後離開，而雌魚會把受精卵一直含在口中，躲避天敵直到小魚可以獨立捕食。在此之前，小魚就算可以外出遊動，但在發現危險時也會迅速游回雌魚的口中。

口孵類：

口孵類的出現是三湖慈鯛歷史上重大的轉折點，口孵使幼魚的成活率大大提高，不止野外如此，在人工環境下也方便了很多。

由於口孵的關係，繁殖期間的親魚不需要移出缸單養，可直接在大缸內完成配對含卵。在經過一週後就可以選擇人工孵化還是由親魚自行孵化了。

人工孵化具有產魚量大，成活率高，而且對雌魚傷害小的特點。在扣卵時要選擇在雌魚警惕性低的時候將魚撈起，儘量避免受驚吞卵的情況出現。

然後在手中墊上溼毛巾（防止打滑）輕輕抓住魚的頭部放入事先準備盛滿水的器皿內，用指甲或牙籤慢慢的將魚嘴撬開，在水微微搖晃幾下，還帶著卵黃的小魚就掉出。

如果卵黃較小就放入繁殖盒內暫養，如果卵黃依然很大沒有明顯的頭尾，就需要繼續放入孵化器內孵化了。

有的新手魚友害怕人工孵化失敗，可以選擇讓雌魚自行孵化，這種孵化方式產魚量較少，但勝在安全，值得注意的是在完成孵化後要及時將小魚撈出，防止缸內其他三湖慈鯛捕食。