藍藻屬於原核生物中的一種，酵母菌屬於真核生物中的真菌．原核細胞和真核細胞最主要的區別就是原核細胞沒有核膜包被的典型的細胞核

藍細菌有擬核，酵母菌有細胞核，

藍細菌和酵母菌均能進行有氧呼吸，

藍細菌屬於原核生物，沒有線粒體，

藍細菌能夠進行光合作用，而酵母菌不能

它們的區別在於：酵母菌是一種真核生物，而藍細菌是一種原核生物。

酵母菌是一群單細胞，球狀或橢球狀、以芽殖或裂殖方式繁殖的真核細胞型微生物。

藍細菌(Cyanobacteria)，原名藍藻或藍綠藻，是一類進化歷史悠久、革蘭氏染色陰性、無鞭毛、含葉綠素a（但不形成葉綠體）、能進行產氧性光合作用的大型原核微生物。

藍細菌是古老的生物，在50億年前，地球本是無氧的環境，使地球由無氧環境轉化為有氧環境是由於藍細菌出現併產氧所致。藍細菌是海洋生態系統的重要組成部分和海洋初級生產力的重要組成部分。藍細菌在植物學和藻類學中被分類為藍藻門。由於它的細胞結構簡單，只具有原始核，沒有核膜和核仁，只有染色質，只具有葉綠素，沒有葉綠體。故將它列為原核生物界的藍光合菌門，這一門的細菌叫藍細菌。