1、對內部審計職能的理解較為模糊
由於中國內部審計是一種行政命令的產物，在初期形成了片面強調外向性服務及作為國家審計基礎而存在的內部審計模式。這種審計模式實際上導致了人們對內部審計職能上的模糊認識，至今仍有些企業內部審計難以融人其整體經營管理之中，更不用說當時不少企業及其管理當局對之很不理解甚至有抵制情緒，其結果直接導致內部審計工作難以正常開展，更談不上履行其監督評價職能及開展保證諮詢活動，從而不能充分發揮其應有的內向性服務的作用，導致中國內部審計存在諸多不足。
2、中國內部審計獨立性差
內部審計具有獨立性，是使內部審計具有客觀性、權威性及公正性的必要條件。獨立性原則是內部審計區別於企業內部其他職能部門的重要標誌。無論內部審計還是外部審計，離開獨立性，審計結果將毫無意義。中國的實際情況是大多數企業的內部審計機構或隸屬於財務部門，或與紀檢、監察合在一起作為一個常規部門，受主管財務的副總領導，僅有極少數上市公司的內部審計隸屬於審計委員會。根據中國《上市公司治理準則》，雖然對審計委員會作出了“獨立董事應占多數並擔任召集人，審計委員會中至少應有一名獨立董事是專業人士。”的規定，但由於中國上市公司股權結構不合理，一股獨大，上市公司股東特別是國有股東“缺位”情況普遍，對公司經理人員缺乏有效約束，“內部人控制”嚴重。審計委員會也並沒有要求全部成員為獨立懂事，內部審計即使受審計委員會領導，其獨立性也非常有限。而國外內部審計愈加強調提高內審組織的地位，突出表現在越來越多的內審部門轉為直接向Quattroporte或董事會報告工作，一些知名度較高的跨國公司如福特、百事可樂、波音等甚至設立了副Quattroporte級的總審計師。
3、內部審計工作範圍過於狹窄，對企業經營決策參與有限多數企業的領導人員對內部審計及職能本質特徵認識不足，錯誤地認為審計就是查賬。隨經濟發展雖然有所好轉，但總體上沒有根本性的改進。直至現階段，中國仍有不少企業的內部審計僅侷限於企業財務會計方面的審查，很少觸及經營管理的其他領域，從而使內部審計多屬財務性質，使得內部審計工作實際上變成了財務會計的自審過程。加上中國內部審計人員對自身的作用認識上存在偏差，一直認為內部審計是差錯防弊，以評價為主，對審計建議重視不夠。這直接導致中國不少企業對內部審計所能提供的評價、諮詢等服務缺乏全面正確的理解。事實上，企業在制度制訂、工程專案、重要合同、投資決策、資金使用、財務規劃甚至資訊系統建設等諸多方面非常需要內部審計的支援與服務，但許多內部審計機構在實際工作中卻被常常別忽略，或者有些被賦予不應有的職責。在這些企業中，內部審計在強化內部管理方面的作用未被充分認知或未被正確認識，內部審計機構並沒有被看作是企業整體的或相對獨立的組成部分。
4、審計技術落後
西方國家內部審計充分發揮自身的優勢，大力開展審計調查，對組織中存在的帶傾向性、普遍性的問題，特別是組織所面臨的財務和經營風險，進行經常性的調查、和評估、預測。特別是國外自20世紀中期以來，審計界開發出了多種審計抽樣方法和選樣技術方法，大量運用計算機輔助審計軟體如acl等等，並透過建立各種審計風險模型的方式，減少自身工作風險。而中國內部審計工作卻一直以手工查賬為主，憑審計人員個人經驗和職業判斷、透過隨意抽樣進行，較少運用統計抽樣和機輔助審計軟體，審計工作的風險無法量化。以事後審計、靜態審計為主，事前審計、事中審計很少開展，不利於審計部門及時發現問題，提出改進措施，避免造成損失。
5、審計人員知識結構單一、綜合素質尚待提高內部審計在企業的地位不高，難以吸收優秀的人才加入到內部審計隊伍中，無法完成自身的吐故納新。特別是中國企業對內部審計重視不夠，經常將一些“老、弱、病”或不好安置的人員放到審計部門，長期以往造成內部審計從業人員中有相當數量人員年齡偏大，且不具備必要的學識及業務能力。另外，有相當數量的企業領導認為內部審計就是對財務工作的“差錯防弊”，習慣於從財務人員中挑選審計人員，造成審計人員知識結構單一，特別是風險管理和資訊科技知識極為欠缺。這也是造成內部審計工作存在上述諸多差距的根本原因之一。而國外各類公司都把審計人員配備作為充分發揮審計職能的必要條件。朗訊公司的75名審計師中有30名工商管理碩士，35名審計師擁有相關證書。審計部門努力讓每個人的才能和具體專案結合起來，為此設計了非常詳細的技能矩陣，然後將這一技能矩陣用於審計工作的分派和個人發展的監測。
總之，由於中國內部審計獨立性、權威性差，審計範圍受限制，審計方法落後，審計結果的質量大打折扣。而且由於審計人員對審計職能認識的淺薄，再加上長期忽視後續審計工作，致使審計結果起不到應有的作用，更談不上為組織增加價值。而西方國家內部審計已經運用各種方法、開發各種技術手段為企業增加價值服務。如微軟公司使用問題管理器用來解決審計跟程序序的問題。該工具屬於管理部門，他們負責問題的跟進解決，每季度跟蹤資料庫，並與審計按期介面，按季向審計委員會報告。而且，審計委員會每年會有兩次收到有關內審和外審問題的狀況報告。當問題解決之後，檔案存檔而且可以隨時查詢。
1、對內部審計職能的理解較為模糊
由於中國內部審計是一種行政命令的產物，在初期形成了片面強調外向性服務及作為國家審計基礎而存在的內部審計模式。這種審計模式實際上導致了人們對內部審計職能上的模糊認識，至今仍有些企業內部審計難以融人其整體經營管理之中，更不用說當時不少企業及其管理當局對之很不理解甚至有抵制情緒，其結果直接導致內部審計工作難以正常開展，更談不上履行其監督評價職能及開展保證諮詢活動，從而不能充分發揮其應有的內向性服務的作用，導致中國內部審計存在諸多不足。
2、中國內部審計獨立性差
內部審計具有獨立性，是使內部審計具有客觀性、權威性及公正性的必要條件。獨立性原則是內部審計區別於企業內部其他職能部門的重要標誌。無論內部審計還是外部審計，離開獨立性，審計結果將毫無意義。中國的實際情況是大多數企業的內部審計機構或隸屬於財務部門，或與紀檢、監察合在一起作為一個常規部門，受主管財務的副總領導，僅有極少數上市公司的內部審計隸屬於審計委員會。根據中國《上市公司治理準則》，雖然對審計委員會作出了“獨立董事應占多數並擔任召集人，審計委員會中至少應有一名獨立董事是專業人士。”的規定，但由於中國上市公司股權結構不合理，一股獨大，上市公司股東特別是國有股東“缺位”情況普遍，對公司經理人員缺乏有效約束，“內部人控制”嚴重。審計委員會也並沒有要求全部成員為獨立懂事，內部審計即使受審計委員會領導，其獨立性也非常有限。而國外內部審計愈加強調提高內審組織的地位，突出表現在越來越多的內審部門轉為直接向Quattroporte或董事會報告工作，一些知名度較高的跨國公司如福特、百事可樂、波音等甚至設立了副Quattroporte級的總審計師。
3、內部審計工作範圍過於狹窄，對企業經營決策參與有限多數企業的領導人員對內部審計及職能本質特徵認識不足，錯誤地認為審計就是查賬。隨經濟發展雖然有所好轉，但總體上沒有根本性的改進。直至現階段，中國仍有不少企業的內部審計僅侷限於企業財務會計方面的審查，很少觸及經營管理的其他領域，從而使內部審計多屬財務性質，使得內部審計工作實際上變成了財務會計的自審過程。加上中國內部審計人員對自身的作用認識上存在偏差，一直認為內部審計是差錯防弊，以評價為主，對審計建議重視不夠。這直接導致中國不少企業對內部審計所能提供的評價、諮詢等服務缺乏全面正確的理解。事實上，企業在制度制訂、工程專案、重要合同、投資決策、資金使用、財務規劃甚至資訊系統建設等諸多方面非常需要內部審計的支援與服務，但許多內部審計機構在實際工作中卻被常常別忽略，或者有些被賦予不應有的職責。在這些企業中，內部審計在強化內部管理方面的作用未被充分認知或未被正確認識，內部審計機構並沒有被看作是企業整體的或相對獨立的組成部分。
4、審計技術落後
西方國家內部審計充分發揮自身的優勢，大力開展審計調查，對組織中存在的帶傾向性、普遍性的問題，特別是組織所面臨的財務和經營風險，進行經常性的調查、和評估、預測。特別是國外自20世紀中期以來，審計界開發出了多種審計抽樣方法和選樣技術方法，大量運用計算機輔助審計軟體如acl等等，並透過建立各種審計風險模型的方式，減少自身工作風險。而中國內部審計工作卻一直以手工查賬為主，憑審計人員個人經驗和職業判斷、透過隨意抽樣進行，較少運用統計抽樣和機輔助審計軟體，審計工作的風險無法量化。以事後審計、靜態審計為主，事前審計、事中審計很少開展，不利於審計部門及時發現問題，提出改進措施，避免造成損失。
5、審計人員知識結構單一、綜合素質尚待提高內部審計在企業的地位不高，難以吸收優秀的人才加入到內部審計隊伍中，無法完成自身的吐故納新。特別是中國企業對內部審計重視不夠，經常將一些“老、弱、病”或不好安置的人員放到審計部門，長期以往造成內部審計從業人員中有相當數量人員年齡偏大，且不具備必要的學識及業務能力。另外，有相當數量的企業領導認為內部審計就是對財務工作的“差錯防弊”，習慣於從財務人員中挑選審計人員，造成審計人員知識結構單一，特別是風險管理和資訊科技知識極為欠缺。這也是造成內部審計工作存在上述諸多差距的根本原因之一。而國外各類公司都把審計人員配備作為充分發揮審計職能的必要條件。朗訊公司的75名審計師中有30名工商管理碩士，35名審計師擁有相關證書。審計部門努力讓每個人的才能和具體專案結合起來，為此設計了非常詳細的技能矩陣，然後將這一技能矩陣用於審計工作的分派和個人發展的監測。
總之，由於中國內部審計獨立性、權威性差，審計範圍受限制，審計方法落後，審計結果的質量大打折扣。而且由於審計人員對審計職能認識的淺薄，再加上長期忽視後續審計工作，致使審計結果起不到應有的作用，更談不上為組織增加價值。而西方國家內部審計已經運用各種方法、開發各種技術手段為企業增加價值服務。如微軟公司使用問題管理器用來解決審計跟程序序的問題。該工具屬於管理部門，他們負責問題的跟進解決，每季度跟蹤資料庫，並與審計按期介面，按季向審計委員會報告。而且，審計委員會每年會有兩次收到有關內審和外審問題的狀況報告。當問題解決之後，檔案存檔而且可以隨時查詢。